1、关于安装:
如果你使用的是Anaconda的话,安装命令如下:
conda install h5py
如果没有,安装命令如下:
pip install h5py
2、核心概念
读取HDF5文件,假如现有一个HDF5文件test.hdf5
>>> import h5py
>>> f = h5py.File("test.hdf5", "r")
第一行导入h5py模块,第二行读取文件为File object。对File object操作就行Python的字典相似;
>>> list(f.keys())
['mydataset']
这样我们可以查看key,就像字典一样。经查看里面有一个数据“mydataset”,我们可以提取该数据;
>>> dset = f["mydataset"]
读取出来的数据更像是Python中的Numpy arrays对象;
>>> dset.shape
(100,)
>>> dset.dtype
dtype('int32')
支持数组的切片;
>>> dset[...] = np.arange(100)
>>> dset[0]
0
>>> dset[10]
10
>>> dset[1:100:10]
array([0, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90])
3、创建一个文件和数据
>>> import h5py
>>> import numpy as np
>>> f = h5py.File("mytestfile.hdf5", "w")
>>> dset = f.create_dataset("mydataset", (100,), dtype='i')
4、组和层级组织
>>> dset.name
u'/mydataset'
The "folders" in this system are called groups, The File object we create is itself a group, in this case the root group ,name /
>>> f.name
u'/'
当然也可以创建子组;
>>> dset2 = h5py.File('mydataset..hdf5', 'a')
>>> grp = f.create_group("subgroup")
>>> dset2 = grp.create_dataset('another_dataset", (50,), dtype='f')
>>> dset2.name
u'/subgroup/another_dataset'
可以直接指定路径创建;
>>> dset3 = f.create_dataset('subgroup2/dataset_three', (10,), dtype='i')
>>> dset3.name
u'/subgroup2/dataset_three'