Calus2008 4模型预测育种值的准确性

Calus MPL, Meuwissen THE, De Roos APW, Veerkamp RF (2008) Accuracy of genomic selection using different methods to define haplotypes. Genetics 178:553–561. doi: 10.1534/genetics.107.080838

基因组选择使用幼年动物的总育种值，从整个基因组中大量的估计标记单倍型效应预测。在本研究中，比较了四种不同模型的预测育种值的准确性，包括大量的标记，在不同的标记密度的遗传力50和10％的性状。模型估计了（1）每个单标记等位基因[单核苷酸多态性（SNP）1]，（2）从两个相邻标记等位基因（SNP2）构建的单倍型和（3）由2或10个标记构建的单倍型，包括通过组合连锁不平衡和连锁分析（HAP_IBD2和HAP_IBD10）的单倍型之间的协方差。在3-M基因组上模拟119和2343之间的多态性SNP。对于遗传性为10％的性状，模型之间的差异很小，并且它们中没有一个在所有标记密度中产生最高的准确度。对于具有50％遗传力的性状，HAP_IBD10模型在所有标记密度下产生对幼年和表型动物的估计总育种值的最高准确度。结论是基因组选择比传统选择更准确，特别是对于低遗传性状。