rhel6.3红帽Linux 64位系统安装R语言全解析

日期:20140809,由于r和Linux以及相关镜像的升级地址会改变,这里表述的是目前的状态
系统:VMware Workstation10 + Red Hat Enterprise Linux 6 64 位 ( red  red )
环境:R-3.1.1.tar.gz

路径:装的位置为: /home/red/R

这里都是在线安装的过程,可以保存下yum的包,以后就不用在线安装了

在线装好后会有一段时间的404,等一会网络好了就没事了

重要:

http://mirrors.163.com/centos/

http://cran.r-project.org/

第一、R的安装过程
R语言是主要用于统计分析、绘图的语言和操作环境。
官方网站:
http://www.r-project.org/
Windows下面有直接的安装包,直接下载安装很方便,但是对于刚出的CentOS6.0上不能直接通过yum 安装R,需要自己编译。
下载页面:
http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/
在编译R之前,需要通过yum安装以下几个程序:
(这之前或者有:yum install gcc)
#yum install gcc-gfortran              #否则报”configure: error: No F77 compiler found”错误
#yum install gcc gcc-c++              #否则报”configure: error: C++ preprocessor “/lib/cpp” fails sanity check”错误
#yum install readline-devel          #否则报”–with-readline=yes (default) and headers/libs are not available”错误
#yum install libXt-devel                 #否则报”configure: error: –with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available”错误
然后下载源代码,编译
#cd
#wget http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz
#tar zxvf R-3.1.1.tar.gz
#cd R--3.1.1
#./configure

可能以后用到:
如果使用rJava需要加上 --enable-R-shlib
./configure  --enable-R-shlib --prefix=/usr/R-3.0.1

#make
#make install
即可完成编译安装。
#配置环境变量
vi .bash_profile
PATH=/home/red/R/R-3.1.1/bin
#两个测试:这里目录是原址,仅供参考
1.测试:创建脚本(t.R)
cd /opt/script/R
vim t.R
#!/path/to/Rscript    #第一行
x<-c(1,2,3)    #R语言代码
y<-c(102,299,301)
model<-lm(y~x)
summary(model)
2.测试:执行脚本
R CMD BATCH --args /opt/script/R/t.R
more /opt/script/R/t.Rout    #查看执行的结果
或者第二种方式
Rscript /opt/script/R/test.R    #结果直接输出到终端

from:
1.http://blog.csdn.net/qibaoyuan/article/details/6827352
2.http://blog.itpub.net/21711990/viewspace-1114418/
3.http://www.myexception.cn/linux-unix/680876.html
4.http://blog.sina.com.cn/s/blog_6dd65c6f0100y793.html


第二、问题来了 yum 不管用!咋办?
#简单的过程
1、删除原有的yum:
rpm -aq | grep yum | xargs rpm -e –nodeps
2、安装新的yum
《1》rpm –ivh  http://mirrors.163.com/centos/6/os/x86_64/Packages/python-iniparse-0.3.1-2.1.el6.noarch.rpm
注:python-iniparse-0.3.1-2.1.el6.noarch.rpm这个版本可能随着包的更新导致在这个地址上不一定存在,可输入http://mirrors.163.com/centos/6/os/x86_64/Packages(CentOS6),这个页上面有具体包列表,查找python-iniparse的包,修改为正确的地址即可。下面几步和这一步相似。
《2》 rpm -ivh http://mirrors.163.com/centos/6/os/x86_64/Packages/yum-metadata-parser-1.1.2-16.el6.x86_64.rpm
《3》 rpm -ivh http://mirrors.163.com/centos/6/os/x86_64/Packages/yum-3.2.29-40.el6.centos.noarch.rpm http://mirrors.163.com/centos/6/os/x86_64/Packages/yum-plugin-fastestmirror-1.1.30-14.el6.noarch.rpm
注:这是两个rpm包

《4》cd /etc/yum.repos.d/ 

#这里需要清空yum仓库

《5》wget http://mirrors.163.com/.help/CentOS6-Base-163.repo

《6》sed -i "s/\$releasever/6/" CentOS6-Base-163.repo 

#这个语法指的是把文件CentOS6-Base-163.repo(下载下来是个模板)里面所有的$releasever全部替换为你得版本号即:6,注意空格

《7》yum makecache

#详细的解答,这里的路径是不准确的参照上方即可

1.删除redhat 原有的yum
rpm -aq|grep yum|xargs rpm -e --nodeps
2.下载yum 安装文件
Wget -c http://mirrors.163.com/centos/6.4/os/x86_64/Packages/yum-3.2.29-40.el6.centos.noarch.rpm
wget -c http://mirrors.163.com/centos/6.4/os/x86_64/Packages/yum-plugin-fastestmirror-1.1.30-14.el6.noarch.rpm
wget -c http://mirrors.163.com/centos/6.4/os/x86_64/Packages/yum-metadata-parser-1.1.2-16.el6.x86_64.rpm
wget -c http://mirrors.163.com/centos/6.4/os/x86_64/Packages/python-iniparse-0.3.1-2.1.el6.noarch.rpm
3.安装yum 软件包
(1)rpm -ivh python-iniparse-0.3.1-2.1.el6.noarch.rpm
(2)rpm -ivh yum-metadata-parser-1.1.2-16.el6.x86_64.rpm
(3) 两个一起安装先后顺序不要乱(中间50%正常)
rpm -ivh yum-3.2.29-40.el6.centos.noarch.rpm yum-plugin-fastestmirror-1.1.30-14.el6.noarch.rpm
4、更改yum源 #我们使用网易的CentOS镜像源
(1)清空yum仓库
# cd /etc/yum.repos.d/
#rm -rf *
(2)设置源
# wget http://mirrors.163.com/.help/CentOS6-Base-163.repo
# vi CentOS6-Base-163.repo
编辑文件,把文件里面所有的$releasever全部替换为你得版本号,即6.4 最后保存!或者直接把下面的内存拷贝到CentOS6-Base-163.repo文件中即可(已经修改好) 
#################################################################
# CentOS-Base.repo
#
# The mirrorsystem uses the connecting IP address of the client and the
# update status ofeach mirror to pick mirrors that are updated to and
# geographicallyclose to the client. You should use thisfor CentOS updates
# unless you aremanually picking other mirrors.
#
# If the mirrorlist=does not work for you, as a fall back you can try the
# remarked outbaseurl= line instead.
#
[base]
name=CentOS-6.4 -Base - 163.com
baseurl=http://mirrors.163.com/centos/6.4/os/$basearch/
#mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=6.4&arch=$basearch&repo=os
gpgcheck=1
gpgkey=http://mirror.centos.org/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-6
#released updates
[updates]
name=CentOS-6.4 -Updates - 163.com
baseurl=http://mirrors.163.com/centos/6.4/updates/$basearch/
#mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=6.4&arch=$basearch&repo=updates
gpgcheck=1
gpgkey=http://mirror.centos.org/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-6
#additionalpackages that may be useful
[extras]
name=CentOS-6.4 -Extras - 163.com
baseurl=http://mirrors.163.com/centos/6.4/extras/$basearch/
#mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=6.4&arch=$basearch&repo=extras
gpgcheck=1
gpgkey=http://mirror.centos.org/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-6
#additionalpackages that extend functionality of existing packages
[centosplus]
name=CentOS-6.4 -Plus - 163.com
baseurl=http://mirrors.163.com/centos/6.4/centosplus/$basearch/
#mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=6.4&arch=$basearch&repo=centosplus
gpgcheck=1
enabled=0
gpgkey=http://mirror.centos.org/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-6
#contrib -packages by Centos Users
[contrib]
name=CentOS-6.4 -Contrib - 163.com
baseurl=http://mirrors.163.com/centos/6.4/contrib/$basearch/
#mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org/?release=6.4&arch=$basearch&repo=contrib
gpgcheck=1
enabled=0
gpgkey=http://mirror.centos.org/centos/RPM-GPG-KEY-CentOS-6
#####################################################################
5、清理yum缓存
# yum clean all
# yum makecache #将服务器上的软件包信息缓存到本地,以提高搜索安装软件的速度
# yum installvim* #测试域名是否可用

构建数据源基本资料

yum repolist all
(如果这时运行正常,且enabld字段为1,那么表示yum源配置成功了)

至此,Redhat6可以使用CentOS的yum源在线安装软件了!

6.使用 # yum update
或 # yum upgrade 升级系统
注:两个命令区别:
# yum update
升级所有包,改变软件设置和系统设置,系统版本内核都升级
# yum -y upgrade
升级所有包,不改变软件设置和系统设置,系统版本升级,内核不改变

from:
1.http://www.2cto.com/os/201304/205588.html
2.http://www.2cto.com/os/201312/265042.html
3.http://www.cnblogs.com/mailingfeng/archive/2012/09/01/2666745.html
4.http://zhidao.baidu.com/link?url=hDZVtr-icKFpg7Jfi84I1Lwf67EQn258fvwMnO_RQa_i_voYkd8b7iA1WmwUkNG5mKWiJdZUTsxeOpBatMFBua

#其他安装注意:

1.替换yum数据源的过程中/etc/yum.repos.d/:

首先备份/etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo

 mv /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo.backup

下载对应版本repo文件, 放入/etc/yum.repos.d/(操作前请做好相应备份)

  • CentOS5
  • CentOS6

运行以下命令生成缓存

    yum clean all
    yum makecache
2.  

Linux中“is not in the sudoers file”解决方法

其实就是没有权限进行sudo,解决方法如下(这里假设用户名是cuser):

1.切换到超级用户:$ su

2.打开/etc/sudoers文件:$vi /etc/sudoers

3.修改文件内容:按 “i”  进去编辑状态

找到“root    ALL=(ALL)       ALL”一行,在下面插入新的一行,内容是“xxx ALL=(ALL)       ALL”,然后按“Esc”,按”:“,滞后键入命令“wq!”保存并退出。

注:这个文件是只读的,不加“!”保存会失败。

4.退出超级用户:$ exit

5.可以尽情使用sudo了。

3. can't create transaction lock on /var/lib/rpm/.rpm.lock 错误

错误原因:权限问题
解决方法:在终端输入“su”和密码,登录root,以root身份登录就不会有提示

4. 

更改CentOS yum 源为163的源中使用

移动文件或目录,或是更改其名称使用:mv 

from:

1.http://mirrors.163.com/.help/centos.html

2.http://blog.csdn.net/inkfish/article/details/5168676

2.2 http://www.2cto.com/os/201302/189692.html

3.http://blog.csdn.net/leeafu/article/details/7449353

4.http://blog.csdn.net/fengyifei11228/article/details/8499932


#理解入门的过程
摘要:如果我们刚刚安装了RedHat系统,当我们安装软件源或者进行更新的时候,将会出现如下提示:“Unable to read consumer identity”。很显然,这个提示告诉你,yum没有读取到你的用户id。如果想使用redhat同时不想花费几千元注册系统,我们可以使用CentOS的源来替代。
1.注册系统给我们提供了什么?
如果我们点击系统的RHN,会提示注册系统的种种好处:
1)从官方获得软件源
2)免费或者系统的安装镜像和升级
3)系统故障以后,有专门的维护人员来协同我们处理
对于大部分人员,我们往往只关系,系统能否正常安装软件就够了。而redhat上yum的机理是这样的,通过yum读取配置文件/etc/yum.repos.d/file.repo,通过里面提供的网址,到相应站点下载rpm软件包,然后调用底层的rpm程序进行安装。其中,在下载环节,需要提供consumer id。从理论上说,只要我们不到官方网站上下载软件,就能够避免注册问题。
2.一个可以替代的站点:centos
我们都知道,redhat是一个商用的OS,但是它是开放源代码的。所以,社区会将redhat的源代码进行重新编译,然后去掉redhat的商标,进行发布,这就是centos。对于一般用户而言,可以认为:centos和redhat是相同的。因此,我们可以到centos对应的站点来下载软件源。国内一些网站,比如网易163提供一些开源软件的下载地址,我们可以将软件源改成国内的。
进入到 /etc/yum.repos.d, 其中有个rhel-source.repo, 先改名为rhel-source.repo.bak,做个备份
然后新建个 rhel-source.repo
内容如下:~~
from:
1.http://www.linuxidc.com/Linux/2013-12/93375.htm
2.http://www.linuxidc.com/Linux/2010-12/30773.htm



待续:

保留 yum 下载的软件包



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