【开源计划预告】医学图像非刚性配准实践项目开源计划(5-5更新)

前言

疫情当前,全国人民都被禁足在家,对我们的生产生活可谓影响至大。按计划我的研究生生涯即将结束,最近刚在线完成了毕业答辩,还剩下一些离校事宜。回顾这两年多的研究生经历,感慨良多,有积极的,更多的是消极的,不免对即将踏入的社会生活感觉到一些畏怯,对茫茫未来的担忧。闲言少叙,回顾我的科研课题--基于深度学习的医学图像快速配准方法研究--的研究历程,还是有一些成就感的,总算是交了差。

从最初接触这个课题,我信誓旦旦,蛮有信心地接受了导师的安排,但开始时又两眼一抹黑,无处下手,到后来在老师和师兄师姐的帮助下,自己不断摸索、查资料、看论文、与别人交流,慢慢上手,到现在达到毕业要求,完成毕业答辩。回顾整个历程,我不仅要感谢一路上各位的帮助,还要感谢互联网,感谢开源。如果没有开源提供的算法,而只有理论知识,实践起来没有可供模仿的样本,很难从零到一实现一个完整的项目。可以说,我是站在了巨人的肩膀上了,将网上的资源东拼西凑,经过自己的修改与创造,搞出来了我的这个项目。因此,为了回报整个配准社区,我计划将我的项目整理开源。

计划

将配准项目代码开源的计划,我一直都有,最近刚完成答辩,在家还比较闲,就着手付诸实践了。关于开源的方式,我想了很多,具体分列如下,不仅有基础款的,还有锦上添花款的,具体能不能全部实现就要看我的实际情况了,我尽力完成。一旦哪部分内容完成,我会将相应的链接附在下面,以供快速查看。

  • GitHub仓库(Timmy-Fang/Deformable-Image-Registration-Projects)

就是将我的代码,特别是使用的工具性的代码段(比如使用pytorch实现的空间转换层、绘制变形场的、统计误差的等等),分享出来,放在一个GitHub仓库里。

代码已上传,欢迎大家来查看。

  • CSDN博客 
  1. 将使用的工具性的代码段在博客中开源,并添加一些必要的解释说明;
  2. 在本博客中分享我的整个探索经历与经验,以供参考。
  • bilibili视频 (视频已上传,关注我的B站账号:Timmy870,方便及时获取更新内容,谢谢~)

如果有时间的话,将我之前做的汇报PPT录些视频分享给大家,更直观生动一些,更容易理解。

视频终于更新啦,欢迎大家来观看、发弹幕、留言讨论。快来呀!

发表的论文(2020.5.5新增)

我投稿的两篇会议论文也都发表出来了,有兴趣的可以点击链接,下载观看,第一篇是利用基于无监督学习的非刚性配准模型在胸部X光图像上的应用,第二篇是该模型在胸部CT图像配准任务的应用创新实践,文章链接罗列如下。

1, Unsupervised learning-based deformable registration of temporal chest radiographs to detect interval change

2,A FCN-based Unsupervised Learning Model for Deformable Chest CT Image Registration

结束语

最后,感谢所有帮助过我的人,祝你们身体健康,平安喜乐!

如果有什么问题或需要纠正的地方,请各位网友不吝赐教!

你可能感兴趣的:(配准,pytorch,python,pytorch,深度学习)