java.lang.UnsatisfiedLinkError:no jhdf5 in java.library.path问题的解决

笔者在MyEclipse中进行HDF文件的读写，遇到了java.lang.UnsatisfiedLinkError：no jhdf5 in java.library.path的问题。笔者详细地记录了整个过程，如只需此问题的解决，可跳过前面部分直接找该问题解决方法。

1.MyEclipse新建Java工程，命名为HDF_Dataset

2.添加所需jar包  jarhdf5-3.2.1.jar  slf4j-api-1.7.5.jar    slf4j-nop-1.7.5.jar

工程名右键选择新建文件夹，命名为lib

将三个jar包拷贝到lib下

jar包右键--Build Path--Add to Build Path

3.编辑代码

新建Class文件，命名为H5Ex_D_ReadWrite，放到包examples.datasets中

代码如下：

package examples.datasets;

import hdf.hdf5lib.H5;
import hdf.hdf5lib.HDF5Constants;

public class H5Ex_D_ReadWrite {
	private static String FILENAME = "/home/hadoop/Documents/HDF5/test.h5";
	private static String DATASETNAME = "DS1";
	private static final int DIM_X = 4;
	private static final int DIM_Y = 7;
	private static final int RANK = 2;

	private static void WriteDataset() {
		int file_id = -1;
		int filespace_id = -1;
		int dataset_id = -1;
		long[] dims = { DIM_X, DIM_Y };
		int[][] dset_data = new int[DIM_X][DIM_Y];

		// Initialize data.
		for (int indx = 0; indx < DIM_X; indx++)
			for (int jndx = 0; jndx < DIM_Y; jndx++)
				dset_data[indx][jndx] = indx * jndx - jndx;

		// Create a new file using default properties.
		try {
			file_id = H5.H5Fcreate(FILENAME, HDF5Constants.H5F_ACC_TRUNC,   //创建文件，指定文件名，文件存取模式，文件创建特性列表，文件存取特性列表
					HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);  
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}

		// Create dataspace. Setting maximum size to NULL sets the maximum
		// size to be the current size.
		try {                         //H5Screate_simple新建一个数据空间并打开它等待接收数据 
			filespace_id = H5.H5Screate_simple(RANK, dims, null);
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}

		// Create the dataset. We will use all default properties for this example.
		try {
			if ((file_id >= 0) && (filespace_id >= 0))        //H5Dcreate 新建一个数据集file_id
				dataset_id = H5.H5Dcreate(file_id, DATASETNAME,
						HDF5Constants.H5T_STD_I32LE, filespace_id,
						HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5P_DEFAULT, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}

		// Write the data to the dataset.
		try {
			if (dataset_id >= 0)     //H5.H5Dwrite将dset_data中的数据对象写入文件中
				H5.H5Dwrite(dataset_id, HDF5Constants.H5T_NATIVE_INT,
						HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
						HDF5Constants.H5P_DEFAULT, dset_data);
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}

		// End access to the dataset and release resources used by it.
		try {
			if (dataset_id >= 0)
				H5.H5Dclose(dataset_id); //关闭数据集
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}

		try {
			if (filespace_id >= 0)
				H5.H5Sclose(filespace_id); //释放数据空间
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}

		// Close the file.
		try {
			if (file_id >= 0)
				H5.H5Fclose(file_id);//关闭文件，写操作结束
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}
	}

	private static void ReadDataset() {
		int file_id = -1;
		int dataset_id = -1;
		int[][] dset_data = new int[DIM_X][DIM_Y];

		// Open file using the default properties.
		try {              //H5.H5Fopen打开一个已存在的文件
			file_id = H5.H5Fopen(FILENAME, HDF5Constants.H5F_ACC_RDWR, 
					HDF5Constants.H5P_DEFAULT);  
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}

		// Open dataset using the default properties.
		try {
			if (file_id >= 0)       //H5.H5Dopen打开数据集
				dataset_id = H5.H5Dopen(file_id, DATASETNAME, HDF5Constants.H5P_DEFAULT);
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}

		// Read the data using the default properties.
		try {
			if (dataset_id >= 0)   //H5Dread读数据到dset_data中
				H5.H5Dread(dataset_id, HDF5Constants.H5T_NATIVE_INT,
						HDF5Constants.H5S_ALL, HDF5Constants.H5S_ALL,
						HDF5Constants.H5P_DEFAULT, dset_data);
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}

		// Output the data to the screen.
		System.out.println(DATASETNAME + ":");
		for (int indx = 0; indx < DIM_X; indx++) {
			System.out.print(" [ ");
			for (int jndx = 0; jndx < DIM_Y; jndx++)
				System.out.print(dset_data[indx][jndx] + " ");
			System.out.println("]");
		}
		System.out.println();

		// Close the dataset.
		try {
			if (dataset_id >= 0)
				H5.H5Dclose(dataset_id);
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}

		// Close the file.
		try {
			if (file_id >= 0)
				H5.H5Fclose(file_id);
		}
		catch (Exception e) {
			e.printStackTrace();
		}
	}

	public static void main(String[] args) {
		H5Ex_D_ReadWrite.WriteDataset();
		H5Ex_D_ReadWrite.ReadDataset();
	}

}

注意：此时运行，会报出java.lang.UnsatisfiedLinkError: no jhdf5 in java.library.path错误，如图

根据错误类型java.lang.UnsatisfiedLinkError，我们知道这是Link错误，即程序运行时找不到链接库。因此还需要一步：

4.add the HDF5 JNI library to your path

在Linux中，需要的是so文件；Windows中是dll文件

在命令行下，Linux通过设置LD_LIBRARY_PATH，Windows设置PATH 参考：https://support.hdfgroup.org/products/java/release/download.html#script 截图如下：

重点说在MyEclipse中：

Run---Run Configurations

设置Arguments--VM arguments：-Djava.library.path=libjhdf5.so文件所在目录，然后点击右下角Run 运行即可。

再运行，就会得到正确结果：

在/home/hadoop/Documents/HDF5下可以看到test.h5文件

用HDFView可以查看该文件：

补充：

文件下载：

在https://support.hdfgroup.org/products/java/release/download.html#bldsrc中下载HDFJava 3.2.1

解压缩之后运行.sh文件

在lib文件夹中有要用到的jar包和libjhd5.so 。注意，将下图中的libjhdf5.so.3.2.1拷贝到指定文件夹（/home/hadoop/Documents/linux）改名！改名为libjhd5.so

注意：

要用新版jar包，旧版jar包有ncsa前缀，新版没有。

旧版：

import ncsa.hdf.hdf5lib.H5;

import ncsa.hdf.hdf5lib.HDF5Constants;

而最新的jar包没有ncsa，即：

import hdf.hdf5lib.H5;

import hdf.hdf5lib.HDF5Constants;

笔者很详细地记录了整个过程，因为解决java.lang.UnsatisfiedLinkError着实费了很多功夫，因为用的是旧版jar包和新版libjhdf5.so文件，一直没成功，后来想到了这个原因，解决了问题。

也可以直接下载需要的三个jar包和so文件：

http://download.csdn.net/detail/luoying_1993/9866509