R环境安装与基本命令

conda安装

conda install R

安装 Bioconductor的包

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("siggenes", "affy","hgu133plus2cdf"))

install.packages(),remove.packages(),update.packages()

install.packages("NMF")
remove.packages("NMF")
update.packages("NMF") 

查看当前电脑已经安装的package

.packages(all.available=T) #Don’t forget first dot  
library()

查看已经加载的package

search()

加载与移除包

library(affyio)
detach(package:affyio)

工作目录显示与设置

getwd()
setwd("directory")

工作目录与变量

list.files() # 工作目录中的文件
list.dirs() # 工作目录
list.files(pattern="*.Rdata") # 后缀为Rdata的文件
a = c(); b = c(1, 2); c = c("Bio", "R"); # 变量声明
ls() # 当前工作区中的变量
rm(a) # 删除单个变量
rm(list=ls()) #删除整个工作区变量

加载和数据集

• .Rdata保存与加载

a = c(); b = c(1, 2); c = c("Bio", "R");
save(a, file="mydata.Rdata") # 保存指定对象数据
save.image("mywork.Rdata") # 保存工作区中的变量到文件中
load("mydata.Rdata") # 加载工作区中的数据相当于matlab的mat数据文件

通过名字发现对象

find("find") # R中指定的函数
apropos("save") # 名字中包含save字符串的函数