医学图像处理：Ubuntu16.04安装freesurfer教程

freesurfer是一个处理大脑3D数据影像的软件，用起来非常方便。安装教程如下：

我的ubuntu系统是16.04，其他版本亦可作为参考。

1.下载所需软件包

在官网上下载安装包，链接：点击打开链接。下载需要12个小时左右。

获取licence，在官网点击打开链接上注册一下，填写自己的邮箱，提交之后会收到一个邮件。打开附件，复制附件信息，新建一个licence.txt,将内容粘贴到该txt文件中。

收到的邮件如下

2.安装包复制与解压

将下载的软件包复制到/usr/local下，要保证有足够大的空间。在ubuntu系统下打开命令窗口，输入

sudo cp 安装包名字 /usr/local 

这里安装包名字不仅要是全称，还要将位置信息打上去（如果你进的是该安装包目录下就不用了）。

解压：输入

sudo tar -zxvf /usr/local/freesurfer安装包文件名

3.安装

 安装tcsh (if not)，在终端输入：

sudo apt-get install tcsh   

完成后输入tcsh，不报错的话就没问题了。

4.环境配置

在命令栏中为桌面路径下输入

sudo gedit  /etc/profile

在所打开文件的最后一行 输入： 
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer 
在命令栏中为桌面路径下输入

sudo gedit  /etc/bash.bashrc

在所打开的文件中输入 

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

保存。

分别输入：tkregister2、tkmedit、tksurfer 和recon-all --help没有报错的话 ，就说明基本安装成功。

-------- freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0-2beb96c --------
Setting up environment for FreeSurfer/FS-FAST (and FSL)
FREESURFER_HOME   /usr/local/freesurfer
FSFAST_HOME       /usr/local/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR      /usr/local/freesurfer/subjects
MNI_DIR           /usr/local/freesurfer/mni
zj@zj-H110M-S2:~$

5.可能遇到的错误

a.在复制文件时可能会出现：‘cp：无法创建目录‘/usr/local/freesurfer’:权限不够’。解决：在cp前加上sudo。

b.“qdec.bin: error while loading shared libraries: libjpeg.so.62: cannot open shared object file: No such file or directory”

解决方案：sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libjpeg.so.8.0.2 /usr/lib/libjpeg.so.62

c.NO writing permission之类的。解决：输入 sudo su 进入到root用户。

6.软件用例

Example 1:  将sample-001.mgz 转换成nifti格式。.

$> cp $FREESURFER_HOME/subjects/sample-001.mgz .
$> mri_convert sample-001.mgz sample-001.nii.gz
...
reading from sample-001.mgz...
TR=7.25, TE=3.22, TI=600.00, flip angle=7.00
i_ras = (-0, -1, -0)
j_ras = (-0, 0, -1)
k_ras = (-1, 0, 0)
writing to sample-001.nii.gz...

Example 2: .对nifti文件进行重新配置

$> export SUBJECTS_DIR=
$> recon-all -i sample-001.nii.gz -s bert -all (creates a folder called bert in SUBJECTS_DIR)

Example 3: 在预先存在的主题文件夹上执行全面重新配置

$> export SUBJECTS_DIR=
$> recon-all -s bert -all

Example 4:  查看图像.

$> cd $SUBJECTS_DIR
$> freeview -v \
    bert/mri/T1.mgz \%可换成自己的图像
    bert/mri/wm.mgz \
    bert/mri/brainmask.mgz \
    bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
    -f \
    bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
    bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
    bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
    bert/surf/rh.pial:edgecolor=red

补充：上面忘记提了，每次使用时在终端都要输入（配置环境变量）

tcsh

setenv FREESURFER_HOME /usr/local/freesurfer

source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh