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AMBER生物分子动力模拟工作站配置推荐

       Amber是专门针对生物分子系统模拟而开发的分子动力学应用程序，AMBER 支持 GPU 加速，可运行显式溶剂 PME 和隐式溶剂 GB 模拟。AMBER 在NVIDIA GPU 上的运行速度比仅使用 CPU 的系统快 15 倍，从而使用户运行生物分子模拟的时间从几天缩短到几小时。

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（一）Amber分子动力学模拟软件计算特点
       Amber分子动力学模拟软件由AmberTools19和Amber18组成，其中：AmberTools 19（开源的）是由几个独立开发的软件包组成，这些软件包可以单独使用，也可以与Amber18一起使用。该套件还可以用于使用显式水模型或广义Born溶剂模型进行完整的分子动力学模拟，包含：
• Sander：用于分子动力学模拟的主力程序，包括组合的量子力学/分子力学（QM / MM）功能，不支持GPU加速
• tleap and parmed：用于Amber模拟的基本准备工具
• NAB / sff：一种语言环境，用于编写专门处理分子结构的程序。基于分子力场计算和距离几何的建模
• antechamber和MCPB：创建用于一般有机分子和金属中心的力场的程序
• sqm：半经验和DFTB量子化学程序
• pbsa：执行Poisson-Boltzmann模型的数值解(支持GPU 加速)
• 3D-RISM：求解积分方程模型以进行溶剂化
• mdgx：一个主要通过参数拟合来突破Amber MD界限的程序。还包括可自定义的虚拟站点和显式的溶剂MD功能。
• cpptraj和pytraj：分析轨迹结构和动力学的工具
• MMPBSA.py和Amberlite：基于能量的MD轨迹分析

       Amber18（商业版）软件包通过添加PMEMD程序在AmberTools18上构建，支持GPU加速，该程序类似于AmberTools中的sander（分子动力学）代码，但在多个CPU上提供了更好的性能，并在GPU上显着提高了速度。
关于GPU计算卡
支持显卡型号
游戏卡类：Titan RTX、RTX 2080Ti、RTX2080S、RTX2070S、RTX2060S
专业卡类：Titan V、Tesla V100、Quadro GV100

GPU卡求解规模：

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Amber GPU加速测试

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（二）Amber分子动力模拟计算硬件配置推荐

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  • 程序员对英语的依赖 Smile.zeng 英语程序猿
    1、程序员最基本的技能，至少要能写得出代码，当我们还在为建立类的时候思考用什么单词发牢骚的时候，英语与别人的差距就直接表现出来咯。 2、程序员最起码能认识开发工具里的英语单词，不然怎么知道使用这些开发工具。 3、进阶一点，就是能读懂别人的代码，有利于我们学习人家的思路和技术。 4、写的程序至少能有一定的可读性，至少要人别人能懂吧... 以上一些问题，充分说明了英语对程序猿的重要性。骚年
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        时间过得真快啊，转眼就到了Oracle学习笔记的最后个章节了，通过前面七章的学习大家应该对Oracle编程有了一定了了解了吧，这东东如果一段时间不用很快就会忘记了，所以我会把自己学习过的东西做好详细的笔记，用到的时候可以随时查找，马上上手！希望这些笔记能对大家有些帮助！     这是第八章的学习笔记，学习完第七章的子程序和包之后
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