Linux学习笔记-Anaconda学习笔记-Anaconda 设置清华镜像源

本文参考Anaconda查看、删除、增加channel 、Anaconda查找源及配置清华镜像几篇文章，学习对Anaconda中Channel的设置等方法。
之前在安装软件时看到大家都在说尽量使用Anaconda来安装，这样可以连同软件依赖的包一起安装，我自己才装了SRA Toolkits和Anaconda两个软件，都是从Firefox网站下载后使用bash命令安装，另一个FastQC是Ubuntu系统自带的，使用apt-get install fastqc 命令就装上了，因此还不懂大家说的依赖包，今天在学RNA-seq时需要使用其他软件，因此先回过头来看看Anaconda怎么使用。
补充参考文章：
conda的安装与使用（2019-6-28更新）
RNA-seq(1) :用conda安装RNA-seq所需要的工具
RNA-seq基础入门传送门
清华镜像源官网：Anaconda 镜像使用帮助
软件介绍
Conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.
命令用法

usage: conda [-h] [-V] command ...
详见： conda --help

查看自己Anaconda的设置

(base) zexing@DNA:~$ conda info

     active environment : base
    active env location : /f/xudonglab/zexing/miniconda3
            shell level : 1
       user config file : /f/xudonglab/zexing/.condarc
 populated config files :
          conda version : 4.8.2
    conda-build version : not installed
         python version : 3.7.6.final.0
       virtual packages : __glibc=2.23
       base environment : /f/xudonglab/zexing/miniconda3  (writable)
           channel URLs : https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : /f/xudonglab/zexing/miniconda3/pkgs
                          /f/xudonglab/zexing/.conda/pkgs
       envs directories : /f/xudonglab/zexing/miniconda3/envs
                          /f/xudonglab/zexing/.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/4.8.2 requests/2.22.0 CPython/3.7.6 Linux/4.4.0-161-generic ubuntu/16.04.6 glibc/2.23
                UID:GID : 1035:1037
             netrc file : None
           offline mode : False

根据以上显示，自己认为default _channels如下：
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
看网上说这些网站是国外的，下载速度会受影响，而且有些软件可能没有？这个还没体验过。
看别人说国内的镜像源下载会快，学着设置了一下清华镜像，操作如下：

(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
(base) zexing@DNA:~$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/
#根据官网提供的还有其他几个目录，但是channel貌似有数量限制，后边的没办法加入。

按照上面执行完之后，试着搜了一个软件，显示一堆相关信息，应该是提供了很多下载源吧，只是试试就没有后续安装。

anaconda search -t conda tensorflow
#内容太多，省略。。。。。

重新查看Anaconda设置：

(base) zexing@DNA:~$ conda info

     active environment : base
    active env location : /f/xudonglab/zexing/miniconda3
            shell level : 1
       user config file : /f/xudonglab/zexing/.condarc
 populated config files : /f/xudonglab/zexing/.condarc
          conda version : 4.8.2
    conda-build version : not installed
         python version : 3.7.6.final.0
       virtual packages : __glibc=2.23
       base environment : /f/xudonglab/zexing/miniconda3  (writable)
           channel URLs : https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : /f/xudonglab/zexing/miniconda3/pkgs
                          /f/xudonglab/zexing/.conda/pkgs
       envs directories : /f/xudonglab/zexing/miniconda3/envs
                          /f/xudonglab/zexing/.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/4.8.2 requests/2.22.0 CPython/3.7.6 Linux/4.4.0-161-generic ubuntu/16.04.6 glibc/2.23
                UID:GID : 1035:1037
             netrc file : None
           offline mode : False

显示的Channel已经增加了，应该是成功了。
另一篇文章提供查看channel的方法：前往当前用户的家目录下，查看.condarc文件。

show_channel_urls: true
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults

注意：配置完成之后，要关闭控制台再重新打开控制台，这样新配置的文件才会被加载进来。
使用conda config --get channels命令查看

xiaomotong@VirtualBox:~/桌面$ conda config --get channels
--add channels 'defaults'   # lowest priority
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'
--add channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/'   # highest priority

删除某个镜像源

conda config –remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
#没有操作，记录备用。

恢复默认镜像

conda config --remove-key channels 
# 恢复默认下载源，即Anaconda原来默认的网址