samtools用法

1.View

samtools view -bS abc.sam > abc.bam

samtools view -b -q 20 abc.bam > abc.q20.bam

-b bam 输出bam

-S sam 输入sam

-@ 线程

-q 20 筛选mapping quality > 20

-F 数字 筛选：Explain SAM Flags do not show reads with flags containing any of these values

samtoools view -F 4 bam > sam 去除unmapped

# 去除unmapped前：

# 去除unmapped前：

ref：sam文件解读 -

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2.Sort

samtools sort abc.bam abc.sort

samtools sort -@ 5 SRR1909070.bam -T SRR1909070.sorted

可以用：

samtools sort --threads 10 -m 2G -o Tumor-2.bam Tumor-2.sam

-m 500M或1G 每个线程使用的最大内存

-@ 线程

可以用？

samtools view -@ 5 -bS xxx.sam | samtools sort -@ 5 > xxx.sorted.bam

3.merge

samtools merge -@ 5 out.bam 1.bam 2.bam

4.index

samtools index abc.sort.bam

5.faidx：对基因组文件建立索引

samtools faidx genome.fasta

6.flagstat：给出BAM文件的比对结果

比对率97.15%

samtools flagstat -@ 20 T-2.sam

emmm

参考1

参考2

例二

samtools flagstat -@ 20 T-3.sam

例二

图片发自App

7.depth

8.rmdup

samtools rmdup input.sorted.bam output.bam

ref：samtools命令大全 - CSDN博客

ref：samtools常用命令详解 | 陈连福的生信博客