应用软件通常安装在/opt目录下，这样系统中的各个用户都能方便使用，下面的软件都将安装到/opt目录。
1，上传需要的软件包Amber12.tar.gz、AmberTools13.tar.bz2、Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz。
2，进入/opt目录，解压缩AmberTools、Amber到当前目录。
tar xvf ~/AmberTools13.tar.bz2
tar xvf ~/Amber12.tar.gz
3，在线更新，打补丁(需要联网)
cd /opt/amber12
export AMBERHOME=/opt/amber12/
./update_amber --update
若出现提示：
updater.py has found a patch to itself... I am quitting now so
future updates will apply with the fixed script.
Run this script again to get all updates.
则再次运行 ./update_amber --update，直到所有补丁更新完毕。
4，安装串行版本
make clean
./configure intel
make install
make test (测试，可能有几项测试提示失败，没关系)
5，安装并行版本
make clean
./configure –mpi intel
make install
export DO_PARALLEL=‘mpirun –np 4’
make test (测试，可能有几项测试提示失败，没关系)
6，安装GPU版本（单GPU）
make clean
./configure -cuda intel
make install
make test.cuda (测试，可能有几项测试提示失败，没关系)
7，安装GPU版本 (多GPU)
make clean
./configure –cuda –mpi intel
make install
export DO_PARALLEL='mpirun -np 2'
cd test
./test_amber_cuda_parallel.sh (测试，可能有几项测试提示失败，没关系)
8，设置环境变量，需要重新登陆后生效。
在/etc/profile文件末尾添加如下行：
export AMBERHOME=/opt/amber12
export PATH=$AMBERHOME/bin:$PATH
9，运行测试算例，验证正确安装
解压缩Amber12_GPU_Benchmark_Suite.tar.gz
cd Amber_GPU_Benchmark_Suite/PME/Cellulose_production_NVE
使用CPU版测试：
mpirun -np 20 $AMBERHOME/bin/pmemd.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd
耗时：2856秒，ns/day:0.61。
使用单GPU版测试：
$AMBERHOME/bin/pmemd.cuda -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd
耗时：332秒，ns/day:5.22。
使用多GPU版测试：
mpirun -np 2 $AMBERHOME/bin/pmemd.cuda.MPI -O -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd
耗时：278秒，ns/day:6.20。
附软件下载链接（仅供测试使用）：
链接: http://pan.baidu.com/s/1jG87CXK 密码: ljp7