Day 4_1 NCBI下载SRP数据——配置aspera

第0步：为了加快下载速度需要配置aspera网址

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nohup wget -c https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.6/ibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.12-64.tar.gz &

tar zxvf ibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.12-64.tar.gz
bash ibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.12-64.sh 
cd # 去根目录
ls -a # 如果看到.aspera文件夹，代表安装成功
# 永久添加环境变量
echo $PATH 
# /home/chenyuqiao/miniconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games
# 复制下来用来备份
echo export PATH="/home/chenyuqiao/.aspera/connect/bin:$PATH" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
# 查看帮助文档
ascp --help

配置环境变量出错,这一句话就可以补救回来

# export PATH=/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/usr/local/bin

下面这句话可以把几乎所有的都补救回来

export PATH=/home/chenyuqiao/miniconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games

安装成功标志：

echo $PATH

下载时出现fasp表示安装成功

第一步：找到并下载下载SRR_Acc_List

NCBI SRA数据库地址
GEO数据库地址
Step0：直接在GEO搜索ESCC RNA-seq，点击SRA Run Selector

step0：直接在GEO数据库中搜索ESCC RNA-seq即可

step1：找到SRP号（project）不能是SRR号（单个样本）

step1：找到SRP号

必须是SRP号，不能使SRR号

step2

step3：下载SRR_Acc_List

第二步下载数据

激活rna环境后 使用prefetch下载数据：

######可以使用循环下载
cat SRR_Acc_List.txt |  while read id; do (nohup prefetch ${id} -O ./original_data 1>log.txt 2>&1 &) ;done 

激活rna环境后 使用prefetch下载数据

下载时可以查看硬盘大小

df -h
df -sh ./ ###查看当前文件夹大小 disk free human-readable
free -h ###应该是内存吧

查看硬盘大小