生信修炼手册
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TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库

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TANRIC整合了来自TCGA, CCLE等大型肿瘤研究项目的数据，对多种肿瘤的lncRNA表达量进行分析，差异分析，并对lncRNA与临床信息，基因组等数据进行相关性分析，文章发表在Cancer Research上，链接如下

http://cancerres.aacrjournals.org/content/75/18/3728

网址如下

https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/main.html

数据库构建的pipeline示意如下

TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库_第1张图片

  1. 以Gencode数据库中的lncRNA为标准进行分析，在分析前，过滤掉了其中与蛋白编码基因的exon有重叠的lncRNA

  2. 下载TCGA，CCLE等项目的RNA_seq数据，对肿瘤中的lncRNA进行定量，采用的是RPKM的定量方式，筛选表达量在所有样本中平均值大于0.3的lncRNA进行后续差异分析

  3. 从TCGA中下载样本对应的临床信息，基因组和蛋白组数据，分析lncRNA和这些数据之间的相关性，采用的是斯皮尔曼相关系数，以相关系数0.6作为阈值


网站分为了以下6个模块

1. Summary

这部分可以查看每种肿瘤的数据来源，样本个数等信息，示意如下

TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库_第2张图片

点击Show按钮，可以查看详细信息，示意如下

TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库_第3张图片

2.  Visualization

这部分查看每个肿瘤中lncRNA表达量的聚类结果，以热图的形式呈现，示意如下

TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库_第4张图片

3. Download

这部分用于下载数据，示意如下

TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库_第5张图片

4. Analysis

其他3个模块结果是类似的，都是用于查看lncRNA分析的结果，分成了如下所示的3种分析

TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库_第6张图片

结果展示示意如下

TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库_第7张图片

对于肿瘤中的lncRNA研究而言，该数据库非常值得参考。

·end·

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TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库_第8张图片

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