Chimera补全蛋白缺失结构

可能很多人喜欢用pymol，其实我认为Chimera是一个更加强大的可视化软件，只是不容易上手，可能不符合国人使用习惯用的人相对较少，这里简单介绍一下最近用到的Chimera补全蛋白缺失结构。

其实Chimera补全蛋白缺失结构主要是是利用的modeller，可以补全尾部结构或者中间的缺失结构，所以个人觉得对于之前介绍的GalaxyFill更加强大。

我们以PDB:1qln为例，1qln为T7 RNA 聚合酶，其中包括了一段核酸序列。我们可以先下载下来了解其信息:

wget https://files.rcsb.org/download/1QLN.pdb

可以看到MISSING RESIDUES信息，主要是前端和56-71的loop环的缺失。

c1.png

我们将对其中loop进行补齐，若缺失的loop环是自己设计的残基，那么还需要自己修改SEQRES信息，如下图:

c2.png

其中 SEQRES为完整序列信息（包含缺失序列），可以自己创建或者修改添加从而达到自己的补全内容的目的。除非特殊要求一般PDB数据库中不需要修改或者自己添加。

我们打开UCSF Chimera，点击Favorites -> Command Line,在下面Command中进行下载蛋白，删除核酸等操作:

#打开PDB 1qln
open 1qln
#删除 核酸和溶剂等
delete ~protein

c3.png

再点击Tools -> Structure Editing -> Model/Refines Loops
会弹出两个框框，其中这个框框主要是完整的序列信息，其中缺失蛋白位置会用红色框框圈出。

c4.png

另外一个为设置modeller的框框:

c5.png

具体的设置内容如下:
Model/remodel 区域
-active region: 序列框内的活性区域
-Chimera selection region: Chimera中选择的区域
-non-terminal missing structure: 非端点的缺失结构，会将坐标文件和SEQRES相互比较
-all missing structure: 所有缺失片段
Allow this many residues adjacent to missing regions to move (default 1) **
允许移动的残基（来适配缺失残基），建议就是默认值
Number of models to generate
生成的模型数，个人觉得1个就好，后期再优化，默认为5个
Loop modeling protocol
-standard（默认）
-DOPE: 精度更高，花的时间更多，有可能没有结果或者比预期结果少
-DOPE-HR：和DOPE类似，精度相对没有那么高
Run modeller using
-web service（默认）:需要Modeller license key，学术用户可以输入MODELIRANJE
-local installation：需要路径，我的是usr/local/mode9.19

点击OK会后台会运行，我运行了大约15分钟，运行完后模型会直接进入界面，然后保存即可。
若停止或者查看可以在Task Panel查看，即右下角

image

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