学习小组Day3笔记--紧到长不帅

今天是学习第三天，主要内容是Linux下软件安装-----软件商店conda的使用

• 第一步 检查系统有没有压缩软件：bzip2

输入代码：bzip2，如果没有的话会提示:command not found,则执行安装命令：yum install -y bzip2

• 第二步 Miniconda

1. 生信星球之前推送的conda介绍，附上地址：

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247483691&idx=1&sn=ac34d79497d094764d5d58726d00f07f&chksm=fdf84969ca8fc07f28604ccda852eb6ef92a49eabf2787c5d0e02437fdd75e6bab186ad87c15&scene=21#wechat_redirect

2. Miniconda的下载：
   首先找到下载链接，方法来自生信星球：

百度/谷歌搜索“miniconda”（是英文网站）=》你会看到linux下面有64-bit、32-bit两种版本=〉接下来，查看自己服务器是多少位的=》安装python3.6对应的版本=〉右键-复制下载链接:https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

然后，登陆Linux服务器，进入之前建立的目录-biosoft（代码cd biosoft）
下载Miniconda：命令：wget + 刚才的下载连接

ps:来自花花的建议：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。
安装Miniconda：命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh；按照提示enter、yes，一路向北

image.png

再来一步，听说前面学员掉过的坑————激活Miniconda：代码source ~/.bashrc

检验一下：命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了，出现一行简短的报错说明挂了。

来自花花的忠告：

不成功就将miniconda这个目录删除，还记得删除文件夹怎么做吧？然后从“怎么安装miniconda”开始重来！！
注意不要删除安装包哈，要不还得浪费时间在下载上。

最后一步：添加添加国内镜像—
把下面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

敲黑板：Linux的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴

准备工作结束，下载看一看商店里有没有你想要的菜

1. 查看软件列表：代码conda list
   

   image.png
2. 搜索软件：代码conda search fastqc
3. 安装软件：代码conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装】【指定安装软件版本号，conda install fastqc=0.11.7 -y】
4. 卸载软件：代码conda remove fastqc -y

总结：今天的学习其实可以分为两步：

• 前期准备：修建一个超市（安装conda）
• 逛超市（搜索软件）、买东西（安装软件）
  谢谢花花、豆豆。