生物信息学习——bowtie2使用手册

原文网址：http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml

用法

bowtie2 [options]* -x {-1 -2 | -U } -S []

主要参数

-x	参考基因组（reference genome）通过bowtie2-build指令在Index文件中的索引文件的前缀，此前缀不包含索引文件的 .1.bt2 / .rev.1.bt2 / etc. bowtie2 等。首先实在当前目录中搜索（即在当前目录的基础下通过你的搜索路径找到index文件夹中的文件），然后再自定义的环境变量BOWTIE_INDEXES中搜索。路径有误会找不到index中的文件
-1		文件1，一般在文件reads中（与index文件并列），以_1.fq为后缀。可以写多个文件但是必须用逗号隔开，规定文件1与文件2必须一一对应（相同的格式）。测序文件中的Reads的长度可以不同。
-2		双末端测寻对应的文件2，规定与文件1相同
-U		与前面的文件1，文件2为或的关系，此处的文件是非双末端比对文件。例如lane1.fq,lane2.fq,lane3.fq,lane4.fq。可以是多个文件，但是必须用逗号隔开。
-S		输出文件，后缀是sam的格式的文件，默认标准输出
输入操作
-q			Reads（用，，指定）是FASTQ格式的文件。 FASTQ文件通常具有扩展名.fq或.fastq。 FASTQ是默认格式。 参见：--solexa-quals和--int-quals。
--qseq			Reads（用，，指定）是QSEQ格式的文件。 QSEQ文件通常具有扩展名_qseq.txt。参见：--solexa-quals和--int-quals。
-f			Reads（用，，指定）是FASTA文件。 FASTA文件通常具有扩展名.fa，.fasta，.mfa，.fna或类似名称。当设置-f时，--ignore-quals也被设置了。
-r			Reads（用，，指定），每行代表一个输入序列，没有任何其他信息（无read名称，无qualities）。 当-r设置时，--ignore-quals也被设置。
-c			后面直接是比对的reads序列 ，即reads序列在命令行上给出。 也就是说 ，和是逗号分隔的reads列表，而不是包含序列的reads文件的列表。 因此没有办法指定读取名称或质量，-c也意味着--ignore-quals设置了。
-s/--skip			中是数字，input的reads跳过前个reads或pairs
-u/--qupto			比对前reads或read pairs（在用-s/--skip 跳过reads或pairs后），然后停止。 默认值：无限制。
-5/--trim5			剪掉5’（左）端长度的碱基，再用于比对（默认值：0）
-3/--trim3			剪掉3’（右）端长度的碱基，再用于比对（默认值：0）
--phred33			输入的碱基质量等于ASCII码值加上33.最近的 Illumina pipelines中运用
--phred64			输入的碱基质量等于ASCII码值加64.
--solexa-quals			将Solexa（可以是负数）的碱基质量转换为Phred（不能）。 此方案用于较旧的Illumina GA Pipeline版本（1.3之前）。 默认值：off
--int-quals			输入文件中的碱基质量用“”隔开，而不是ASCII码字符，如40 40 30 40，默认值：off