dieshuli2209
dieshuli2209

fastq文件转化成fasta格式文件

方法1

   awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta

方法2：

   awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' fastq > fasta

推荐使用方法1,方法2可能会有缺陷，有些数据的值也是@，如果恰好是第一个碱基，就会出错

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