ubuntu 16.04 安装gromacs-2016.3（小白经历）
首先Ubuntu是用的win10版本16215.0以上提供的Linux子系统，安装gromacs-2016.3并行版。打开开发者模式，就可以直接在win10商店下载了。由于算是一个小的虚拟系统，所以gromacs不能安装gpu。看了网上很多教程，对小白有一点点不友好，特此记录小白的安装过程。
一、基础软件准备
检查是否有gcc，g++，python。版本尽量还是新一点。
检查方法 ：
软件名 -version
ps：我的Ubuntu并没有自带gcc
下载地址：
https://packages.ubuntu.com
在搜索栏输入软件就可以下载了，当时gcc安装的是5.4.0-6ubuntu1，g++建议安装5.x。
1 .python可以使用apt
（有的时候是apt-get，输入后一般会提示操作）
apt install python
如果报错，可能会提示You might want to run 'apt-get -f install' to correct these. 输入
apt-get -f install
之后就会自动安装。然后再次输入apt install python就可以自动安装了
2 .gcc和g++
离线
安装
我采用的是下载安装包，dpkg一个一个安装。在上面那个地址，进入后选择适合的gcc安装包（注意名字），64位选择的是amd64。页面中有些红点标识的依赖包，但是不需要都下载。然后解压，用cd命令进入该解压后的文件夹。
wget
za.archive.ubuntu.com/ubuntu
tar xvf gcc-4.8.2.tar.bz2 #如果自行下载这行以前可以忽略
cd gcc-5.4.0
./contrib/download_prerequisites
mkdir build
cd build
../configure --prefix=/opt/gcc-5.4.0 --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --enable-languages=c,c++,fortran,java
make 此处可以使用make -j 4进行4核并行编译，提高速度。根据机器配置需要耗费时间不同。
sudo make install
上述代码执行过程程序会报告错误，然后看倒数几行，会写它需要什么软件（比如gcc-5-base，l等），然后在网页中的依赖包寻找，下载。安装语句如下
dpkg -i 路径/文件名
ps：有的依赖包还需要下新的依赖包，总之错误提示里缺少的软件都下载下来安装就好。
把相关依赖包全部安装好，就可以重新执行gcc的安装代码了，这次就会运行成功
同理，g++也可以这么安装。
安装完成后设置环境变量(/etc/profile)，需要重新登录后才起作用。
具体操作如下：
vi /etc/bash.bashrc
在文件中，按 i，进入编辑模式，最后一行输入
export PATH=/opt/gcc-5.4.0/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-5.4.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gcc-5.4.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
ESC退出编辑，输入“：wq”保存退出，“：q！”不保存强制退出，“：q”不保存退出，；命令模式光标左移：删除该字符
结束上述操作，输入以下代码查看更改的环境变量：
echo $PATH
“其实‘apt install’也可以安装gcc和g++，但是总是出现网络问题，以上为离线安装方法。我当时是用apt方法结合离线方法安装的，用离线法安装依赖包，用apt install安装gcc和g++”
二、fftw安装
wget
http://fftw.org/fftw-3.3.4.tar.gz
tar xvf ~test/fftw-3.3.4.tar.gz
cd fftw-3.3.4
./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.4 --enable-float --enable-shared
make
sudo make install
其实在之后安装gromacs时发现这个安装过程意义不大，因为gromacs本身可以匹配自己版本安装fftw。
所以此步骤可以忽略
三、cmake
wget
http://www.cmake.org/files/v2.8/cmake-2.8.12.2.tar.gz
tar xvf cmake-2.8.12.2.tar.gz
cd cmake-2.8.12.2
./configure --prefix=/opt/cmake-2.8.12.2
make
sudo make install
安装完成后设置环境变量(/etc/profile)，需要重新登录后才起作用。（具体操作如上）
export PATH=/opt/cmake-2.8.12.2/bin/:$PATH
四、openmpi（并行必备）
- 确认以下编译器已安装：gcc –version，g++ –version，python –version
建议去官方网站下载最新版本：
http://www.open-mpi.org
- 下载（默认至当前用户的Downloads目录下）
网址:
http://www.open-mpi.org
目前版本：openmpi-3.0.0.tar.gz
- 解压openMPI安装文件，放在当前用户目录下：
tar zxvf openmpi-1.6.5.tar.gz
- 进入安装文件目录
cd openmpi-1.6.5
- 安装openMPI（默认至目录：/usr/local/lib）：
./configure
- 安装所有需要的文件：
sudo make all install
- 添加库共享路径：
sudo vi /etc/profile
在profile文件的最后加上一行：
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib
也可以直接命令行输入export，然后进行第8步（自己实验成功的步骤）
- 使该配置文件生效：
source /etc/profile
- 进行测试：
cd openmpi-1.6.5/examples
make
mpirun -np 2 hello_c
成功输出即代表测试成功
- OpenMPI 安装完测试出现error while loading shared libraries: libopen-rte.so.40
- 解决方案 输入：ldconfig，运行即可。
检测版本号：
mpirun -version
五、gromacs
- 若安装单行版gromacs
apt install gromacs
此后按照提示输入语句即可，这个版本是5.1.2
- 并行版gromacs
wget
ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2016.3.tar.gz
tar xvf gromacs-2016.3.tar.gz
cd gromacs-2016.3
mkdir build
cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-2016.3 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw-3.3.4/lib/libfftw3f.so"
-DFFTWF_INCLUDE_DIR="/opt/fftw-3.3.4/include/" -DGMX_MPI=on
如果需要跨节点计算加上-DGMX_MPI=on，需要GPU支持加上-DGMX_GPU=on，需要提前配置好mpi和cuda环境，gpu需要cuda但是虚拟机无效，所以我没有安装cuda。
- fftw可能报错，建议cmake改为（此处注意联网，可能要下载fftw）
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.1.2 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on
之后即可
make –j 2 并行编译
sudo make install
安装完成后设置环境变量(/etc/profile)，需要重新登录后才起作用。具体操作如上述
export PATH=/opt/gromacs-2016.3/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/gromacs-2016.3/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
此后输入：gmx_mpi可以看到gmx的版本号等信息
- 测试
wget
ftp://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/ADH_bench_systems.tar.gz
tar -xvf ADH_bench_systems.tar.gz
cd adh_cubic
gmx_mpi grompp –f rf_verlet.mdp
gmx_mpi mdrun
%%或者并行指令，x为可用cpu数，我输入了2：mpirun –np X gmx_mpi mdrun
如果能够正常计算并结束，说明gromacs已经安装成功。