DNAMAN:为高效序列分析提供了一个功能多样的集成系统

DNAMAN

Lynnon Biosoft为世界生物科学和非信息科学的研究和开发平台开发了激动人心的生物软件。我们的产品，DNAMAN软件包，为序列分析和数据挖掘提供了一个有效的工具包。

什么是DNAMAN？

DNAMAN是一个面向分子生物学应用的软件包。该软件包为高效序列分析提供了一个功能多样的集成系统。您不再需要一个程序来进行限制性分析，而需要其他程序进行多序列比对、设计PCR引物、蛋白质序列分析或绘制质粒。DNAMAN为您完成所有这些任务。

DNAMAN的速度、多功能性、精确性和高质量的演示使其成为每个分子生物学家可以依赖的基本工具之一。DNAMAN是众多同行评议的科学期刊中被高度引用的序列分析软件。它也是一个序列分析软件包，每个大学、研究机构、实验室和研究科学家都能负担得起价格。

DNAMAN可用于Microsoft Windows、OSX和Linux。三种平台上的DNAMAN文件共享相同的格式。DNAMAN的通用格式系统方便了Windows、Mac OSX和Linux之间的通信，使您的工作平台独立。

亮点

• 发布DNAMAN Version 10

• 绿色承诺：DNAMAN实现无纸化——所有软件产品通过互联网交付

• 提供学生价格

• 发布DNAMAN for Linux

• 发布适用于Mac OSX的DNAMAN

DNAMAN Version 10

特点	DNAMAN X	DNAMAN XL
序列编辑与转换 支持GenBank、FASTA、GFF等文件	是	是
使用命令行和脚本进行序列转换	否	是
多序列比对 支持ClustalW、GCG、GDE等文件	是	是
使用命令行和脚本进行多重对齐	否	是
顺序组装 具有图形界面的快速对齐算法	是	是
带命令行和脚本的序列汇编	否	是
PCR引物设计 图形界面优化选择	是	是
批处理和脚本	否	是
序列数据库 Sqlite3数据库引擎	是	是
支持MySQL和Microsoft SQL server	否	是
DNA限制性分析 直观的用户界面和可定制的酶数据库	是	是
使用命令行和脚本进行限制分析	否	是
成对序列分析与点图	是	是
DNA/RNA二级结构分析	是	是
序列搜索与爆炸分析	是	是
系统发育分析	是	是
蛋白质序列分析	是	是
蛋白质二级结构预测	是	是
翻译/反向翻译/密码子优化	是	是
寡核苷酸序列分析	是	是
序列注释和传输	是	是
批处理和通用脚本	否	是
自定义菜单命令	否	是
高级支持服务 提供深度知识，24小时响应	否	是

DNAMAN :序列分析集成系统

Windows、OSX和Linux上的DNAMAN桌面

DNAMAN for Windows

DNAMAN for OSX

DNAMAN for Linux

序列处理和转换

顺序输入

DNAMAN序列是用关键字格式化的纯文本文件。该程序接受其他常见的序列格式，如GenBank、GCG、CUSTAL、FASTA、PIR和GDE。DNAMAN利用序列通道将活动序列保存在内存中以实现快速计算。数据库也可用于帮助组织特定研究项目的序列。所有三个序列输入接口都可以在DNAMAN桌面上访问。

序列合成与转换

DNAMAN使用简单的下拉菜单命令报告序列组成和分子量。它可以将一个序列转换为它的反向、互补、反向互补、双链和RNA序列。

序列搜索

DNAMAN提供了序列搜索和比较的工具，包括核苷酸或氨基酸序列、一致序列、开放阅读框、重复序列。小干扰RNAs (siRNAs)选择工具可用于提高siRNA设计的质量。用户可以在DNAMAN程序中对NCBI数据库或其他基于网络的序列服务器执行BLAST搜索。

约束分析

DNAMAN为DNA序列的限制性分析提供了直观的接口。结果可显示为文本、限制性图谱和限制性模式（琼脂糖凝胶）。其他工具包括电子克隆、从片段重建限制性图谱、沉默突变和定向错配。

顺序组装

DNAMAN使用快速和精确的对齐算法来组装大量的序列。跟踪文件可直接用于程序集。SNP可以通过组装序列集进行验证。

序列同源性分析

点阵图

大序列可以在DNAMAN中用点图分析同源区域。感兴趣的序列区域可以放大并直接对齐。

双序列比对

DNAMAN提供了许多快速或优化的算法来对齐两个DNA或蛋白质序列。

多序列比对

DNAMAN使用ClustalW算法（Feng Doolittle和Thompson）进行对准，而全局对准算法（Wilbur和Lipman）用于快速对准。DNAMAN中的三种最佳对准方式提供了高质量的对准结果。使用快速比对方法，您可以快速对齐大量的DNA或蛋白质序列。可以在多对齐序列编辑器中进一步修改或调整对齐方式。

系统发育分析

DNAMAN使用常用算法计算同源矩阵，并在所有序列对之间建立相关距离。它可以生成距离矩阵，并从多个比对中绘制系统进化树或同源树。Bootstrapping分析可用于系统发育树的置信值。

引物分析

PCR引物设计

DNAMAN为PCR引物选择提供了许多控制标准。您可以通过设置目标DNA的区域、PCR产物的大小、引物特性、反应条件和引物配置来优化引物筛选。

其他功能

寡引物可以分析熔融温度、互补性、错配、沉默突变和定向错配。

蛋白质序列分析

DNAMAN为蛋白质序列分析提供了多种工具，包括从两个DNA起始的所有六个阅读框中进行翻译、遗传密码表的变化、阅读框架概述、密码子使用分析、氨基酸组成、亲水性曲线、电荷和π分析、二级结构预测和反向翻译。

DNAMAN数据库管理

DNAMAN使用标准关系数据库引擎Sqlite3来管理DNA/蛋白质序列和寡核苷酸序列。

LBdraw：为分子生物学家而设计的

用于Windows的内置DNAMAN互联网/内网浏览器

DNAMAN提供了一个集成的网络浏览器来访问互联网或内网。

您可以从浏览器加载序列进行直接分析。

您也可以使用互联网上的服务器。

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