linux 脚本编程

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• 查看CPU信息：lscpu

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• 查看内存信息：free -h

• 查看硬盘信息：df -h

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• 显示当前文件夹的大小
  

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• 打印变量需要echo 美元符号$可以对变量进行传递解释
  （要区分跟R的区别）

  
  
  

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状态变量

位置参数

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结构化语句

if循环

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if [ 1 -eq 2 ] 
> then
> echo 1=2
> else
> echo 1!=2

for循环

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• 对file进行重命名
  

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  结果如下
  

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while循环

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mv具有重命名的功能

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作业

注：把每一题的用到的若干命令都粘贴到对应的代码框中

1. 软件安装与环境变量：请安装一个二进制软件 bowtie2，包括下载、解压、调用 bowtie2 命令的帮助文档，修改环境变量 PATH

不需要下载这个软件，因为服务器上已经有了，拷贝一份即可 /home/hcguo/tmp/biosoft/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip

# 提示，添加环境变量需要改一下安装路径
echo 'export PATH="安装路径:$PATH"' >> ~/.bashrc
echo 'export PATH="/home/hcguo/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64:$PATH"' >> ~/.bashrc

echo 'export PATH="/trainee2/Sep14/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/:$PATH"' >> ~/.bashrc

1. if 语句与状态参数：在上一题修改好了环境变量之后，回到家目录，再次调用 bowtie2 命令的帮助文档，然后使用 if 语句判断是否调用成功（提示：状态参数变量），如果成功，输出：yes ，否则输出 no

if  [ $? -eq  0 ] ; then   echo  yes; else  echo no; fi 

1. if 语句与自定义变量：
   • 创建文件 file1
   • 然后判断当前目录下是否有 file1 这个文件

   • 如果是，输出：yes ；否则什么都不做

     
     
     

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touch  file1 
if  [ -f  file1  ]; then echo yes; fi

1. 创建 10 个文件 test_file_1 ~ test_file_10 ，使用循环语句（建议用 while read id），将上面的 test_file_1 ~ test_file_10 进行重命名，如：test_file_1 改为 test_1

参数扩展

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脚本编程

vim编辑器

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shell 脚本：为了和普通文本文件区分开，通常shell脚本都
会以 .sh 为后缀名 。

定义了解释器

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重定向，正确的在1.log，错误的在2.log

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