生信数据挖掘+实验验证（4分SCI思路）

前几天分享的都是期刊、科研生活上的推文，现在分享一下生信数据挖掘+实验验证（4分SCI思路）的文章。本次分享的参考范文发表Molecular Medicine 上，该期刊的影响因子：4.096，中科院最新分区：2区，不在中科院预警期刊名单内，参考范文来源：https://molmed.biomedcentral.com/articles/10.1186/s10020-020-00261-4。

文章题目：

Inhibition of mitochondrial carrier homolog 2 (MTCH2) suppresses tumor invasion and enhances sensitivity to temozolomide in malignant glioma

研究背景：

恶性神经胶质瘤的代谢从氧化磷酸化（OXPHOs）转变为有氧糖酵解，从而抑制了线粒体功能。这种现象为肿瘤细胞提供了增殖优势，并减少了线粒体依赖性细胞死亡。但是，胶质瘤中线粒体功能障碍的潜在机制尚不清楚。MTCH2是一种线粒体外膜蛋白，可调节线粒体代谢和相关细胞死亡。这项研究旨在阐明MTCH2在神经胶质瘤中的作用。

研究方法：

TCGA和CGGA数据库的生物信息学分析用于研究MTCH2与神经胶质瘤恶性程度的关系及其临床意义。在我们的队列中，使用real-time PCR和western blots从临床标本中验证了MTCH2的表达。siRNA介导的MTCH2敲减用于评估神经胶质瘤进展中MTCH2的生物学功能，包括细胞侵袭和替莫唑胺诱导的细胞死亡。进行了线粒体和细胞信号传导交替的生化研究，以检测MTCH2调节神经胶质瘤恶性程度的机制。

研究结果：

来自公共数据库和我们队列的生物信息学数据表明，MTCH2表达与神经胶质瘤恶性肿瘤和患者生存不良密切相关。MTCH2表达的沉默削弱了人类胶质瘤细胞的细胞迁移/侵袭并增强了替莫唑胺的敏感性。从机制上讲，MTCH2敲低可能增加线粒体的OXPHOs，从而增加氧化损伤，减少的迁移/侵袭途径并抑制生存前AKT信号传导。

研究结论：

我们的工作建立了MTCH2表达与神经胶质瘤恶性肿瘤之间的关系，并为将来的干预提供了潜在的靶标。

分析思路：

1、先使用TCGA和CCGA数据挖掘的方法证明MTCH2在GBM表达上调（vs normal），然后使用real-time PCR进行验证，并且还使用western blots在蛋白水平得到验证，根据MTCH2表达量进行生存分析（high vs low），发现high组的预后更差。

2、证明MTCH2表达的沉默可能会增加GBM细胞中的线粒体OXPHOs。

3、证明MTCH2表达的沉默会损害GBM细胞的细胞迁移和侵袭。

4、证明MTCH2表达的沉默会增强GBM细胞的替莫唑胺敏感性，并探索其作用机制