R可视化：ggtree进化树

ggtree较为完美展示物种进化树图。更多知识分享请到 https://zouhua.top/。

df <- iris[,1:4]  
rownames(df) <- paste(iris$Species,1:150,sep="_")

hc<-hclust(dist(df))
library(ggtree)

ggtree(hc,layout="circular")+
  xlim(0,5)+
  geom_tiplab2(offset=0.1,
               size=2)+
  #geom_text(aes(label=node))+
  geom_hilight(node = 152,fill="red")+
  geom_hilight(node=154,fill="steelblue")+
  geom_hilight(node=155,fill="green")+
  geom_cladelabel(node=152,label="virginica",
                  offset=1.2,barsize = 2,
                  vjust=-0.5,color="red")+
  geom_cladelabel(node=154,label="versicolor",
                  offset=1.2,barsize = 2,
                  hjust=1.2,color="steelblue")+
  geom_cladelabel(node=155,label="setosa",
                  offset=1.2,barsize = 2,
                  hjust=-1,color="green")

参考

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