跟着Nature Methods学画图：R语言ggplot2画气泡图（dotplot）展示基因表达量

今天的推文继续重复论文中的原图

在 土豆学生信 分享的内容看到这篇论文 的链接是 https://www.jianshu.com/p/bbf9cb13b41a

论文是

image.png

论文对应的代码是公开的 https://github.com/ajwilk/2020_Wilk_COVID

image.png

今天重复的内容是论文中的figure2f

image.png

今天的推文主要介绍其中的气泡图，明天的推文介绍如何向气泡图上叠加树形图

按照论文提供的代码得到了画图用到的数据，部分数据如下

image.png

但是用他提供的画图代码没有能够画出图来。因为他用到了一个dot_plot()函数，没有找到这个函数是怎么来的。既然已经拿到了数据，就用ggplot2自己来画吧

读入数据

data.final<-read.csv("NM/figure2f.csv",header=T)
head(data.final)

image.png

基本的散点图

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point()

image.png

用Average expression映射颜色，用Percent expressed映射点的大小

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))

image.png

接下来是设置主题的一些内容

包括

• 去掉灰色背景
• 调整坐标轴字体方向
• 去掉坐标轴标题
• 更改配色

ggplot(data.final,aes(x=features.plot,y=id))+
  geom_point(aes(size=`Percent expressed`,
                 color=`Average expression`))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5))+
  scale_color_gradient(low="lightgrey",high="blue")+
  labs(x=NULL,y=NULL)

image.png

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遇到的问题：大家知道dot_plot()这个函数是哪来的吗？