blast安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是一种对相似性的统计说明。
BLAST发现生物学序列之间的相似区域。BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较，并计算统计显着性。基本局部比对搜索工具（BLAST）查找序列之间的局部相似性区域。BLAST可用于推断序列之间的功能和进化关系，以及帮助鉴定基因家族的成员。

安装BLAST-2.6.0软件
详细步骤
（一）、blast-2.6.0
支持版本号：2.6.0 及以上
源码包位置：
/home/pct13/Blast
已经安装好的版本链接位置：
/home/pct13/Blast/blast
安装步骤：
涉及到的源码安装包：
ncbi-blast-2.6.0±x64-linux.tar.gz
1、编译安装blast-2.6.0

#解压缩  
tar -zxvf ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz    
#修改文件名  
mv ncbi-blast-2.6.0+ blast  
#进入修改后的文件  
cd blast     
#查看当前目录的绝对路径  
pwd  
/home/pct13/Blast/blast  
#查看当前目录的内容  
ls    
bin ChangeLog db doc LICENSE ncbi_package_info README

2、成功判断条件：
编译完成后，可以查看blastn版本及blast包

[pct13@sn01 bin]$ blastn -version 
blastn:2.6.0+
Package:blast 2.6.0. build Dec 7 2016 14:50:34

BLAST软件算例

详细步骤
（一）、下载Proteins数据并上传（数据从NCBI官网下载）
进入HIV-1, Human Protein Interaction Database页面，选择reverse transcriptase [Human immunodeficiency virus 1]序列和Envelope surface glycoprotein gp120 [Human immunodeficiency virus 1]序列，以fasta格式阅读，保存到记事本并修改格式。


将保存的数据重命名并上传

（二）、执行
建立对比序列库

/home/pct13/Blast/blast/bin/makeblastdb -in ref_seq.fasta -dbtype nucl -out database

序列和库的局部对比

/home/pct13/Blast/blast/bin/blastn -query ref_seq1.fasta -db database -out result1 -evalue 10 -outfmt 0