VMD安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介

VMD是分子可视化程序，使用OpenGL提供高质量的3D分子图形。用于显示、动画演示和分析大的生物分子体系。
VMD专为建模，可视化和分析生物系统（例如蛋白质，核酸，脂质双层组件等）而设计。由于VMD可以读取标准蛋白质数据库（PDB）文件并显示，因此可用于查看更通用的分子包含的结构。VMD提供了多种用于渲染和着色分子的方法：简单的点和线，CPK球体和圆柱体，甘草键，主干管和色带，卡通绘图等。VMD可用于对分子动力学（MD）模拟的轨迹进行动画处理和分析。特别是，VMD可以通过在远程计算机上显示和模拟分子来充当外部MD程序的图形前端。

安装VMD-1.9.1软件
详细步骤
支持版本号：1.9.1 及以上
源码包位置：
/home/pct13/Vmd
已经安装好的版本链接位置：
/home/pct13/Vmd/vmd-1.9.1
安装步骤：
涉及到的源码安装包：
vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz
1.编译安装vmd-1.9.1

#解压缩  
tar -zxvf vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD 64.opengl.tar.gz    
#进入解压缩后的文件夹  
cd vmd-1.9.1    
#修改configure文件  
vim configure
install_bin_dir="/home/pct13/Vmd/vmd-1.9.1/bin";
install_library_dir="/home/pct13/Vmd/vmd-
/lib/install_name";    
#目录配置  
./configure LINUXAMD64  
./configure  
#进入src文件     
cd src
make install     

2.成功判断条件

#在vmd-1.9.1/bin目录下运行VMD  
./vmd 

VMD软件算例
详细步骤
（一）、提交命令执行
在vmd-1.9.1文件中输入vmd

（二）、打开软件操作
打开软件主窗口界面file菜单，new molecule选项，打开molecule file browser窗口，打开test/vmd/protcins/dna.pdb文件，点击load 按钮，display 窗口种显示出分子结构。可对分子结构进行操作。