关于multiple mapping我想说的

很多时候,我们都要选取unique mapped的reads,尤其是在RNA-seq和CHIP-seq的时候,但是如何保留,各种教程都不一致,我稍微总结了一下,是因为使用的比对工具不一样导致的!但是主要都反应在sam文件的一系列 tag 里面~

首先对bwa来说,如果它遇到一个reads可以比对到参考基因在的多个序列,只会随机的选取一个位置来输出到sam文件,但是会加上一个 tag是XS:I: 来告诉我们第二好的比对情况的比对得分是多少,bowtie也是一样。但是它们都有参数来决定是否只对每个reads输出一条信息,还是输出全部的信息,在bwa是-a的参数,在bowtie里面是-m参数。

但是bowtie2里面取消了这个参数,它们都必须用XS:I:这个tag来挑选unique mapped的reads

但是如果是用hisat来比对的话,决定是否是唯一比对的却是 NH这个tag信息。默认情况下一条reads可以输出多条比对结果。

我想起了再补充吧,其实应该找几个例子用IGV看看,就明白了,可是我暂时没有时间了,只是觉得这个很重要,就提一下。

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