fastq-dump安装及使用

fastq-dump是sratoolkit软件中的一个功能，首先安装sratoolkit

1：安装

Linux：

curl -O https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz

tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz

cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin                                  #查看其中可运行的功能

echo export PATH=$PATH:/home/test/app/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin >> ~/.bashrc #设置环境变量，或者使用下面的方式：

vi ~/.bashrc

之后在其中添加：

export PATH=$PATH:/home/test/app/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin   #添加环境变量

（注意！bashrc文件中只保留一行export PATH，所以如果你的bashrc文件中已经有了export PATH开头的这行，那就使用第一种添加环境变量的方法，否则会让变量不起作用，还没探究为什么，自身经验之谈）

添加完成之后，首先使环境变量激活

cd ..                       #退出到根目录

source ~/.bashrc          #激活添加的环境变量

fastq-dump -h             #查看是否添加完成

2.使用

参照文章：来自作者hoptop

https://www.jianshu.com/p/a8d70b66794c