groupby python_【Python入门到底有多简单】之groupby数据分类汇总（二）
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目录
一. 导入pandas包
二. 数据读取
三. Groupby函数使用
3.1 按照门水平进行透视分析，并提取样品列进行求和。 3.2 按照门和属进行透视，并输出到data/ASV目录下的phylum_1.xlsx文件。
一
导入pandas包
In [1]:
import pandas as pd二
数据读取
本次分析数据存放在当前运行目录下的data/ASV目录下，df.sample(5)随机显示5行读取到的数据。
In [2]:
df = pd.read_table('./data/ASV/subsample_asv.tax.xls')df.sample(5)Out[2]:
三
Groupby函数使用
1.按照门水平进行透视分析，并提取样品列进行求和。
to_excel("data/ASV/phylum.xlsx",index=True) 使得输出数据保存至data/ASV目录下的phylum.xls文件。
In [3]:
df.groupby('phylum').sum()Out[3]:
In [4]:
df.groupby('phylum').sum().to_excel("data/ASV/phylum.xlsx",index=True)Excel输出文件如下图所示：
2.按照门和属进行透视，并输出到data/ASV目录下的phylum_1.xlsx文件。
In [5]:
df.groupby(['phylum','genus']).sum().to_excel("data/ASV/phylum_1.xlsx",index=True)Excel输出文件如下图所示：
使用agg对每列进行统计计算
In [6]:
df.groupby('phylum').agg(['mean','std','count','max'])Out[6]:
In [7]:
df.groupby(['phylum','genus']).agg(['mean','std','count','max'])Out[7]:
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作者：大熊
审核：有才
来源：天昊生信团