RepeatMasker的安装和使用

Install

RepeatMasker

安装前的准备

1. Unix system with perl 5.8.0 or higher installed

2. Sequence Search Engine

• Phred/Phrap/Consed
• RMBlast （安装的2.2.28的预编译版本，2.6.0版本没有装上）
• HMMER
• ABBlast/WUBlast
  以上四种搜索引擎中我用的是RMBlast

3. TRF - Tandem Repeat Finder

4. RepeatMasker Database
   也可以自己建立本地Database

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安装

1. Download RepeatMasker-open-4-0-7.tar.gz

2. Unpack Distribution

3. Install RM libraries
   因为我用的是本地库，所以没有安装library

4. Check for Dfam Updates(optional)
   同上

5. Run Configure Script

$  cd ./RepeatMasker/  
$   perl ./configure  

需要配置perl、RepeatMasker、TRF、搜索引擎的路径，perl和RepeatMasker的路径会自动检测，TRF下载后需要改名为trf

使用

$ RepeatMasker -pa 8 -x -no_is -nolow -cutoff 250 -lib AthDB.fas TAIR10_genome.fa

-pa 线程数
-x Returns repetitive regions masked with Xs rather than Ns
-no_is Skips bacterial insertion element check
****-cutoff** Sets cutoff score for masking repeats when using -lib (default 225)
-lib** 指定一个fasta格式的自定义库
基因组放到最后，如果不指定输出路径，结果文件在基因组所在的路径中

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