小浣熊嘎嘣脆

RepeatMasker的安装和使用

Install

RepeatMasker

安装前的准备

Unix system with perl 5.8.0 or higher installed
Sequence Search Engine

Phred/Phrap/Consed
RMBlast （安装的2.2.28的预编译版本，2.6.0版本没有装上）
HMMER
ABBlast/WUBlast
以上四种搜索引擎中我用的是RMBlast

TRF - Tandem Repeat Finder
RepeatMasker Database
也可以自己建立本地Database

安装

Download RepeatMasker-open-4-0-7.tar.gz
Unpack Distribution
Install RM libraries
因为我用的是本地库，所以没有安装library
Check for Dfam Updates(optional)
同上
Run Configure Script

$  cd ./RepeatMasker/  
$   perl ./configure

需要配置perl、RepeatMasker、TRF、搜索引擎的路径，perl和RepeatMasker的路径会自动检测，TRF下载后需要改名为trf

使用

$ RepeatMasker -pa 8 -x -no_is -nolow -cutoff 250 -lib AthDB.fas TAIR10_genome.fa

-pa 线程数
-x Returns repetitive regions masked with Xs rather than Ns
-no_is Skips bacterial insertion element check
****-cutoff** Sets cutoff score for masking repeats when using -lib (default 225)
-lib** 指定一个fasta格式的自定义库
基因组放到最后，如果不指定输出路径，结果文件在基因组所在的路径中

持续更新...

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