DAY3 今天相对比较顺利，开森，感念生信星球清楚的讲解！

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今天很多图片和内容直接引自生信星球，因为清楚！

准备工作：检查有没有bzip2

• 这是一个压缩软件（或者说命令），一般投产的服务器都有，但免费的阿里云并没有
• 首先输入bzip2，检查发现显示报错，表明没有这个软件（有的话会显示)，安装需要输入yum install -y bzip2
  
  

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一.什么是miniconda

• conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。
• anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙
• miniconda是区域经理，说白了就是干事的而且比较专一，主要负责生信领域
  具体不懂详细见生信小白第3天-linux的App Store

二. 如何下载miniconda

• 百度/谷歌搜索“miniconda”（是英文网站）=》你会看到linux下面有64-bit、32-bit两种版本=〉接下来，查看自己服务器是多少位的=》安装python3.6对应的版本=〉右键-复制下载链接。这里给出如下https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• 登陆服务器，进入biosoft目录cd biosoft，解释下sh它是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的
• 复制的下载链接 ：wget 刚才复制的链接，注意这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴
  
  

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三. 安装miniconda

（如果进行下去，失败了，需要从这里重来）

• 用bash运行这个安装用的脚本，脚本就是你刚才下载的东西。bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

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• 然后一路Enter，看到这里输入yes
  
  

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• 敲回车
  
  

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• 等待安装结束后输入yes
  
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• 看到这里说明安装成功
  
  

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• 最后还得激活！！！
  source ~/.bashrc来激活conda
  命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了，出现一行简短的报错说明挂了。
  
  

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• 添加国内镜像,加快软件下载速度
  把下面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车
  conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --set show_channel_urls yes
  注意：Windows用户请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，是鼠标左键和右键
  Mac用户比较方便，可以直接cmd+c复制，cmd+v到Terminal/iterm2中粘贴

四.使用conda

1. 查看当前所有软件列表 conda list
2. 搜索软件 conda search fastqc(以数据质控软件fastqc为例)
3. 安装软件 conda install fastqc -y (加上-y是自动安装)
4. 卸载软件 conda remove fastqc -y

五.如何建立conda environment

• 理解conda 环境：
  生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
  每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的。。。解决办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
• 查看当前conda有哪些环境
  输入conda info --envs,可以看到，我们目前就一个conda环境
  
  

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• 比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成
  输入conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
• 创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base
  
  

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• 此时该激活新的conda环境了
  输入source activate rna-seq，这时默认的就会转移到rna-seq前面；
  另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
  接着，你可以输入fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看*，提供下安全感而已。）
• 如何卸载一个环境中的软件
  卸载某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
  全部卸载，也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq --all
  注意!!：最后卸载环境的时候，需要先退出当前环境(输入source deactivate)，因为自己肯定不能把自己删除吧