测序关键名词

问:什么是二代测序？
答:二代测序一种先进的基因检测方法。与传统的基因检测方法，如PCR法，芯片法相比，具有通量大(通量的意思是同时检测的样本数多，同步检测的基因多，因此又叫高通量测序)、检测基因变异类型多(可以同时检测突变，融合，拷贝数变异等)。与一代测序相比，具有更灵敏，可检测类型更多等优点。

问:为什么说二代测序是一种基于算法的检测？
答:。二代测序主要分为检测过程和生信分析两大阶段，在下机以后，还要经过自动的数据分析和人工审核的生信分析，而生信分析，可以理解是将检测出来的结果根据特定的算法来推理基因的变异情况。
如下是生信分析的流程标准，可以了解。

问:如何评价测序结果的准确性？
答:一方面是检测实验室自身的质量管理体系，另一方面则是来自国家权威机构如卫健委组织的高通量测序检测流程和生信分析的室间质量评价，即由国家组织考试，国家考核打分，并发布成绩的质量评估活动。能够在检测流程和生信分析两种质量评价活动中取得满分成绩的临床实验室，说明测序质量是可靠的。

问:测序灵敏度是什么意思？
答:灵敏度指的是能从多少个等位基因当中找出一个变异的等位基因的能力。组织和血液所要求的灵敏度是不一样的，组织要求是百分之一，血液要求是千分之一。

问:灵敏度是不是越灵敏越好？
答:从临床应用的角度来讲，灵敏度和特异性是不可能同时最优。越灵敏，一方面说明突变的细胞在肿瘤细胞中的比例非常稀有，如果根据此情况用药，结果很可能不符合临床实际情况。另一方面，太灵敏，可能会牺牲特异性，即出现假阳性的可能。因此，最符合临床实际的灵敏度是，组织百分之一，血液千分之一即可。

问:什么是测序深度？
答:测序深度是指在同一个基因位点上，被扫描检测了多少次，数值越大，说明深度越深。测序深度不是灵敏度，但和灵敏度相关。测序深度分为去重前深度和去重后深度，重是重复的意思，因为样本DNA会有一个扩增的过程，也就是说有许多DNA是重复冗余的，需要去掉。要求组织的测序深度在去重以前是1000成，去重以后是500成。要求血液的测序深度在去重以前是10000成，去除以后是5000成。

问:什么是cfDNA？什么是ctDNA？
答:cfDNA是血液(也可以是胸水，脑积液等)中游离的DNA，又叫循环无细胞DNA，有很多细胞都能释放cfDNA，cfDNA的来源是很多，并且很复杂的。
ctDNA特指循环肿瘤DNA，是指存在于血液，胸水中，从肿瘤细胞中释放出的DNA，是cfDNA中很少的一部分。检测ctDNA最大的难度就是要去除背景干扰，也就是绝大部分非肿瘤细胞释放的cfDNA干扰。因此对检测过程和生信分析的要求更高。

问:如何回答医生问到的假阳性和假阴性问题？
答:医生问到这样的问题，本质都是关心检测质量。因此可以用湿实验(检测流程，有湿的试剂参与)和干实验(生信分析，没有试剂参与)的质量评估双满分来证实检测可靠性。
另外，对于低频突变会再次芯片技术再次确认，这样最大程度避免了假阳性和假阴性的问题。
另外，血液cfDNA检测，采用UMI标签法，也是避免假阳性和假阴性的方法。