2019年10月week3 病毒相关癌症与免疫通路

病毒感染可能招募免疫效应细胞，并上调PD-1和CTLA-4免疫抑制通路。
Dynamic host immune response in virus-associated cancers
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病毒感染可能招募免疫效应细胞，并上调PD-1和CTLA-4免疫抑制通路。

研究者调查了2009年6种病毒相关癌症类型的肿瘤病毒阳性率和免疫通路改变之间的关系。72例人乳头瘤病毒(HPV)阳性的头颈部鳞癌(HNSC)中，有3例HPV基因组整合在免疫检测基因PD-L1或PD-L2中，导致相应基因表达升高。除了先前描述的Epstein-Barr病毒(EBV)阳性胃肿瘤中PD-1免疫抑制通路的上调，巨细胞病毒(CMV)阳性肿瘤中PD-1通路也有上调。研究还指出在HPV阳性的头颈部鳞癌和EBV阳性的胃肿瘤中的T细胞和B细胞反应特征与患者的更好的生存有关，当检出T细胞信号时。
总之，该研究揭示了病毒感染可能招募免疫效应细胞，并上调PD-1和CTLA-4免疫抑制通路。

方法；
We analyzed 498 TCGA HNSC tumors using VirusScan and identified 72 HPV-positive tumors

HNSC中PD-L1或PD-L2复发性HPV整合

figure 1 HPV integrations at PD-L1 and PD-L2.

宫颈癌里未发现PD-L1/2的整合；
且HBV, EBV, and cytomegalovirus也没发现
we found that NR4A2, TBC1D1, BTNL9, DTX1, FOXP1, INPP4B, PDE4D, and STAT4 with HPV integration events are expression outliers (see Methods) and all these events are associated with the increase of expression.

病毒感染对免疫检查点基因水平的影响

figure 2 免疫检查点基因在病毒阳性和阴性肿瘤中的表达。

病毒感染对宿主免疫反应的影响

figure 3 HPV阳性和阴性的HNSC中T细胞基因的supervised clustering

EBV阳性和阴性的STAD肿瘤中T细胞基因的supervised clustering

免疫检查点基因在T细胞low和T细胞high中的表达

病毒相关免疫反应的临床相关性

HPV阳性和阴性肿瘤的生存和基因表达分析。

Summary
对TCGA数据的重新分析
蹭热点-PD-L1
证明HPV-positive的HNSC中：T细胞状态和预后相关

纯生信5分