使用Aspera上传测序数据到NCBI

惭愧，文章拖了这么久又有重新审稿了，之前的编辑挺看好的，结果2020年年底闭刊了，编辑觉得还有问题需要修改，来不及2020年12月前见刊，于是改了2次还是被毙了，这提示我之后不能这么拖延症。

投到了bmc genomics，那边说要这个测序数据。

首先要去NCBI注册，这个别人写的很多，就不说了。然后我这个人比较不熟悉这些玩意，就写得清楚一点。
类似这个人的博客就说的比较清楚了，这里我直接把测序数据release了，应该没人偷我的数据吧。
https://www.maimengkong.com/m/?post=647
https://www.jianshu.com/p/6d5f735dafcc?from=singlemessage

NCBI 我的提交

补充一下，我们提交的时候如果有组织一点，都是需要建立bioproject和biosample，然后上传SRA数据到对应的bioproject或者sample，这些要一点时间，填SAMN号的时候需要。
填表的时候，如果是双端测序，就要两个文件。

然后就是上传测序数据，可以用网页上传也可以用Aspera，本地网页实在太慢了。
下载地址
https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect-3.11.1.58-linux-g2.12-64.tar.gz
也可以去官网自己找版本，https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?list
要下载的是，IBM Aspera Connect，现在最新就是我发的这个3.11了

# 在linux环境下，找一个目录下载；从网页中下载该软件，w是断点续传
wget -c https://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect_latest/v4/bin/ibm-aspera-connect-3.11.1.58-linux-g2.12-64.tar.gz

# 解压缩这个软件包，然后安装软件
tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.11.1.58-linux-g2.12-64.tar.gz
sh ibm-aspera-connect-3.11.1.58-linux-g2.12-64.tar.gz

*安装完了之后会在用户的家目录生成一个.aspera
# 切换到家目录找到bin文件，添加一下环境变量
cd ~/
cd .aspera/
cd connect/
cd bin/
echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
ascp --help # 用法可以用这个看

ascp所在位置

然后就是去ncbi下载key_file那个私钥文件，然后照抄
我这边的文件夹在我们组其他人的目录下，我建了个软链接上传的。

ascp -i  -QT -l100m -k1 -d 
[email protected]:uploads/xxxxx（远程服务器给的东西）
ascp -i  /mainsd/bigbear/aspera.openssh  -k1 -d /home/bigbear/tmp 
[email protected]:uploads/xxxxx（远程服务器给的东西）

还可以挂在后台，今天差不多就干了这么点事，菜狗的我

notice：
注意如果偷懒上传当前目录，preload folder也识别不到，只能上传目录的样子。
如果需要寻找SRA官方的帮助，需要提交submisson ID
文件格式只支持gz和bz2，如果用了其他例如gtz的格式会被NCBI打包退回(不要问我是怎么知道的)