2019-12-19 学习记录2

Megahit组装

Megahit

megahit -1 02_removed_host/${infile}/${infile}_paired_clean1.fq -2 /02_removed_host/${infile}/${infile}_paired_clean2.fq -r /02_removed_host/${infile}/${infile}_single_clean1.fq,/02_removed_host/${infile}/${infile}_single_clean2.fq -t 10 --min-contig-len 1000  -o /03_assembly_megahit/${infile}/

QUAST评估

下载

wget https://downloads.sourceforge.net/project/quast/quast-5.0.2.tar.gz
tar -xzf quast-5.0.2.tar.gz
cd quast-5.0.2

试用

.#添加环境变量
export PATH="$PATH:/buffalo_gut/quast-5.0.2

/quast.py test_data/contigs_1.fasta \
               test_data/contigs_2.fasta \
               -r test_data/reference.fasta.gz \
               -g test_data/genes.gff
less quast_results/latest/report.txt

质量评估

quast assembly_megahit/final.contigs.fa -o assembly_quality/final.contigs -t 16

QUAST评估结果包含contig总数量、每个长度段的contig数量、最大contig长度、contig总长度、N50、GC含量等信息。QUAST分析得到了一大堆结果文件，report.html中有关键信息。