【RSS】[2] Multiqc整合多样本FASTQ files

参考

fastqc是一款基于java的软件,能够对测序数据的质量进行评估。一个样本生成一个报告,当样本量过多时,逐一查看样本质量就稍显不方便,multiqc是一个基于Python的模块, 用于整合其它软件的报告的软件,能将fastqc生成的多个报告整合成一个报告的软件,这样能方便的查看所有测序数据的质量。目前支持以下软件结果的整合:

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【RSS】[2] Multiqc整合多样本FASTQ files_第1张图片
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【RSS】[2] Multiqc整合多样本FASTQ files_第2张图片
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1. 首先是Multiqc的安装

在已经安装Anaconda的情况下,安装MultiQC非常简单,直接在shell命令面板中输入以下命令:

conda install -c bioconda multiqc

如果出现packages wheel conflict,可能是python3.7当中安装multiqc会有包冲突问题,解决办法可参考

2. 用multiqc对指定文件夹下fastqc生成的结果进行统计:

输入multiqc -h查看使用说明,或者直接看官方文档official_guide

# multiqc [OPTIONS] 
# multiqc+路径+文件名(与通配符搭配使用)
multiqc -o ./test_multiqc_out ./test_fastq_QC_out/*_fastqc.zip 
【RSS】[2] Multiqc整合多样本FASTQ files_第3张图片
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【RSS】[2] Multiqc整合多样本FASTQ files_第4张图片
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到这里成功安装了Multiqc,处理了4条fastqc的zip文件,并且完成了结果输出啦!

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