生信分析常用基因组数据库汇总

【原创】生信分析常用基因组数据库汇总


一、综合性基因组数据库

    1、NCBI    Assembly

        目前最常用的综合性基因组数据库,没有之一(毕竟 NCBI ~)

        网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/?term=

    2、CNGB

        中国国家基因库生命大数据平台

        网址:https://db.cngb.org/

    3、GigaDB

        网址:http://gigadb.org/

二、动物基因组数据库

    1、Ensembl 系列

        Ensembl:    http://asia.ensembl.org/index.html

        EnsemblMetazoa:    http://metazoa.ensembl.org/index.html

        EnsemblProtists:    http://protists.ensembl.org/index.html

    2、UCSC

        网址:http://genome-asia.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?redirect=manual&source=genome.ucsc.edu

三、植物基因组数据库

    1、EnsemblPlants

        网址:http://plants.ensembl.org/index.html

    2、JGI-Phytozome

        网址:https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

    3、PlantGDB

        网址:http://www.plantgdb.org/

四、微生物基因组数据库

    0、MicrobesOnline

        微生物综合性基因组数据库

        网址:http://www.microbesonline.org/

    1、真菌基因组数据库

        1.1、EnsemblFungi

            网址:http://fungi.ensembl.org/index.html

        1.2、JGI-Mycocosm

            网址:https://mycocosm.jgi.doe.gov/mycocosm/home

    2、细菌基因组数据库

        2.1、EnsemblBacteria

            网址:http://bacteria.ensembl.org/index.html

        2.2、JGI-IGM/M

            网址:https://img.jgi.doe.gov/

五、特殊物种基因组数据库

    0、illumina    iGenomes

            常见物种各版本基因组数据下载汇总

            网址:https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html

    1、植物

            模式植物及农作物    Gramene:http://www.gramene.org/

            拟南芥    Arabidopsis thaliana    TAIR

                        AIR:    http://www.arabidopsis.org/

                        SIGnAL:    http://signal.salk.edu/

                        RARGE:    http://rarge.psc.riken.jp/

            水稻    rice    Nipponbare    ZS97 and MH63

                        Rice Genome Annotation Project:    http://rice.plantbiology.msu.edu/

                        RAP-DB:    http://rapdb.dna.affrc.go.jp/

                        Rice Information GateWay (RIGW):    http://rice.hzau.edu.cn/rice/

                        国家水稻数据中心:    http://www.ricedata.cn

            麦类作物    GrainGenes:https://wheat.pw.usda.gov

                                URGI:http://wheat-urgi.versailles.inra.fr/

            莴苣(生菜)    Lettuce Genome Resource :http://lgr.genomecenter.ucdavis.edu/Home.php

            蔷薇科    Genome Database for Rosaceae(GDR):https://www.rosaceae.org

            大豆    SoyBase:https://www.soybase.org/

            豆类    Pulse Crop Database(PCD):https://www.pulsedb.org/

            玉米    MazieGDB:https://www.maizegdb.org/

            柑橘属    Citrus Genome Database:https://www.citrusgenomedb.org/

            甜橙    Orange (Citrus sinensis) Genome Annotation Project:http://citrus.hzau.edu.cn/orange/

            越橘属    Genome Database for Vaccinium:https://www.vaccinium.org/

            葫芦科    Cucurbit Genomics Database:http://cucurbitgenomics.org/

            茄科    SOL genomics network:https://solgenomics.net/

            芸薹属    Brassica Database:http://brassicadb.org/brad/

            杨柳类    AspenDB:http://aspendb.uga.edu/

            硬木类    Hardwood Genomics Project:https://www.hardwoodgenomics.org/

            挪威云杉    Congenie:http://congenie.org/

            芭蕉类    Banana Genome Hub:http://banana-genome.cirad.fr

            棉花    CottonGen:https://www.cottongen.org/

            可可    Cacao Genome Database:https://www.cacaogenomedb.org/

            猕猴桃    Kiwifruit Genome Database:http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/kiwi/home.cgi

    2、动物

            小鼠    Mouse Genome Informatics:http://www.informatics.jax.org/

            大鼠    Rat Genome Database(RGD):http://rgd.mcw.edu/

            果蝇    FlyBase:http://flybase.org/

            斑马鱼    The Zebrafish Information Network(ZFIN):http://zfin.org/

            线虫   WormBase:https://www.wormbase.org

            非洲爪蟾    XenMine:http://www.xenmine.org/xenmine/begin.do

            疟原虫    PlasmoDB:https://plasmodb.org

            牛    BGD:http://bovinegenome.org

    3、微生物

            大肠杆菌    EcoCyc:https://ecocyc.org/links.shtml

            酵母菌    The Saccharomyces Genome Database (SGD):https://www.yeastgenome.org

            念珠菌    Candida Genome Database:http://www.candidagenome.org/

    4、其他

            植物+作物寄生虫    URGI:http://urgi.versailles.inra.fr/Species    ()



文章参考:

《【收藏】常用的基因组数据库汇总》链接:http://www.360doc.com/content/18/0127/20/19913717_725596003.shtml

《数据库》链接:http://www.360doc.com/content/18/0803/15/29780055_775410765.shtml

《植物基因组数据库》链接:https://www.jianshu.com/p/3b3f332ac3e2

《基因组数据库-一个物种的官网》链接:https://www.plob.org/article/6674.html

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