【原创】生信分析常用基因组数据库汇总
一、综合性基因组数据库
1、NCBI Assembly
目前最常用的综合性基因组数据库,没有之一(毕竟 NCBI ~)
网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/?term=
2、CNGB
中国国家基因库生命大数据平台
网址:https://db.cngb.org/
3、GigaDB
网址:http://gigadb.org/
二、动物基因组数据库
1、Ensembl 系列
Ensembl: http://asia.ensembl.org/index.html
EnsemblMetazoa: http://metazoa.ensembl.org/index.html
EnsemblProtists: http://protists.ensembl.org/index.html
2、UCSC
网址:http://genome-asia.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?redirect=manual&source=genome.ucsc.edu
三、植物基因组数据库
1、EnsemblPlants
网址:http://plants.ensembl.org/index.html
2、JGI-Phytozome
网址:https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
3、PlantGDB
网址:http://www.plantgdb.org/
四、微生物基因组数据库
0、MicrobesOnline
微生物综合性基因组数据库
网址:http://www.microbesonline.org/
1、真菌基因组数据库
1.1、EnsemblFungi
网址:http://fungi.ensembl.org/index.html
1.2、JGI-Mycocosm
网址:https://mycocosm.jgi.doe.gov/mycocosm/home
2、细菌基因组数据库
2.1、EnsemblBacteria
网址:http://bacteria.ensembl.org/index.html
2.2、JGI-IGM/M
网址:https://img.jgi.doe.gov/
五、特殊物种基因组数据库
0、illumina iGenomes
常见物种各版本基因组数据下载汇总
网址:https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html
1、植物
模式植物及农作物 Gramene:http://www.gramene.org/
拟南芥 Arabidopsis thaliana TAIR
AIR: http://www.arabidopsis.org/
SIGnAL: http://signal.salk.edu/
RARGE: http://rarge.psc.riken.jp/
水稻 rice Nipponbare ZS97 and MH63
Rice Genome Annotation Project: http://rice.plantbiology.msu.edu/
RAP-DB: http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
Rice Information GateWay (RIGW): http://rice.hzau.edu.cn/rice/
国家水稻数据中心: http://www.ricedata.cn
麦类作物 GrainGenes:https://wheat.pw.usda.gov
URGI:http://wheat-urgi.versailles.inra.fr/
莴苣(生菜) Lettuce Genome Resource :http://lgr.genomecenter.ucdavis.edu/Home.php
蔷薇科 Genome Database for Rosaceae(GDR):https://www.rosaceae.org
大豆 SoyBase:https://www.soybase.org/
豆类 Pulse Crop Database(PCD):https://www.pulsedb.org/
玉米 MazieGDB:https://www.maizegdb.org/
柑橘属 Citrus Genome Database:https://www.citrusgenomedb.org/
甜橙 Orange (Citrus sinensis) Genome Annotation Project:http://citrus.hzau.edu.cn/orange/
越橘属 Genome Database for Vaccinium:https://www.vaccinium.org/
葫芦科 Cucurbit Genomics Database:http://cucurbitgenomics.org/
茄科 SOL genomics network:https://solgenomics.net/
芸薹属 Brassica Database:http://brassicadb.org/brad/
杨柳类 AspenDB:http://aspendb.uga.edu/
硬木类 Hardwood Genomics Project:https://www.hardwoodgenomics.org/
挪威云杉 Congenie:http://congenie.org/
芭蕉类 Banana Genome Hub:http://banana-genome.cirad.fr
棉花 CottonGen:https://www.cottongen.org/
可可 Cacao Genome Database:https://www.cacaogenomedb.org/
猕猴桃 Kiwifruit Genome Database:http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/kiwi/home.cgi
2、动物
小鼠 Mouse Genome Informatics:http://www.informatics.jax.org/
大鼠 Rat Genome Database(RGD):http://rgd.mcw.edu/
果蝇 FlyBase:http://flybase.org/
斑马鱼 The Zebrafish Information Network(ZFIN):http://zfin.org/
线虫 WormBase:https://www.wormbase.org
非洲爪蟾 XenMine:http://www.xenmine.org/xenmine/begin.do
疟原虫 PlasmoDB:https://plasmodb.org
牛 BGD:http://bovinegenome.org
3、微生物
大肠杆菌 EcoCyc:https://ecocyc.org/links.shtml
酵母菌 The Saccharomyces Genome Database (SGD):https://www.yeastgenome.org
念珠菌 Candida Genome Database:http://www.candidagenome.org/
4、其他
植物+作物寄生虫 URGI:http://urgi.versailles.inra.fr/Species ()
文章参考:
《【收藏】常用的基因组数据库汇总》链接:http://www.360doc.com/content/18/0127/20/19913717_725596003.shtml
《数据库》链接:http://www.360doc.com/content/18/0803/15/29780055_775410765.shtml
《植物基因组数据库》链接:https://www.jianshu.com/p/3b3f332ac3e2
《基因组数据库-一个物种的官网》链接:https://www.plob.org/article/6674.html