PyMOL做出非氢键相互作用图

在上文中，我们尝试模仿绘制文献中的Figure 2a，所选文献为J. Med. Chem. 2016, 59, 4087−4102，本文将尝试绘制Figure 2b，原图如下所示：

image

本例中使用的PDB code: 3kwf

首先加载大分子：

fetch 3kwf
bg white

接着创建新对象，在视图窗口右下角点击S按钮，顶部将显示蛋白质的序列，箭头所指位置为A链中的配体，其代号为B1Q。

image

create lig, /3kwf/E/A/1
create residues, (3kwf and (chain A in resi 630+631+659+666))

单独显示我们的研究对象：

hide everything
show sticks, lig
show sticks, residues
set_bond stick_radius, 0.14, residues

然后修改配体颜色，使其按元素显示。

image

按住control键，并用鼠标中键选择两个原子，然后松开control，使用鼠标左键选择氨基酸残基。完成后如图所示，残基被保存在(sele)中，原子被保存在(pkset)中。

image

接着测量pkset与sele的距离，将距离小于4埃的显示出来：

distance nonbonded, pkset, sele, 4, 0
color magenta, nonbonded

然后在下图区域任意位置单击鼠标左键，将鼠标模式更改为Editing模式：

image

按住control键，用鼠标左键将虚线上的距离移开。在上方菜单栏中点击Setting -> Edit All，在dash_radius中输入0.07，按回车键确认。

image

最后设定好视角，就可以输出了。

set_view (\
     0.507353544,    0.469124675,    0.722847939,\
     0.366444945,   -0.876655817,    0.311746955,\
     0.779944181,    0.106718525,   -0.616688907,\
     0.000415023,    0.000164665,  -94.643707275,\
    20.837306976,   37.008846283,   57.467098236,\
  -251.000549316,  106.750518799,  -20.000000000 )

draw 1200,800
png Figure2.png

image