安装生信软件

软件安装分类

安装之后的软件目录要求有序清楚干净

软件安装分类.PNG

miniconda软件安装

下载miniconda软件，此为软件仓库（清华大学开源软件镜像站 | minconda）例如，
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh

配置镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

创建软件安装环境并起名字，例如叫作rna
conda create -n rna python=2

查看当前的conda环境
conda info --envs

激活/进入conda的rna环境（这样就不每次使用是都conda create -n rna python=2）
source activate rna

安装一个软件试试，例如sra-tools软件，首先在Bioconda documentation的网站上搜索有没有收录，网址https://bioconda.github.io/recipes.html
发现有这软件，可以用conda安装啦！此步骤也可以如下得到确认：
conda search sra-tools

开始安装
conda install -y sra-tools # 出现done，正确安装。注意，通常要能调出该软件的help才放心。各款软件如何确认？可能得多加网上搜索确认啦，例如，
调用：
./sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump --help 
发现可以调用，确认软件可以使用了。

source deactivate # 如此，即可退出当前环境

各类语言安装包

杂记

优先下载二进制可执行程序：解压后即可全路径调用

C源码：./configure一下, make一下, 再make install一下 （ 有些需权限，缺库。据说很头疼，但我是哪哪儿都疼。)
perl和python软件，主要是模块依赖
R，java安装等等

注意一个问题，下载后要解压，得到的源码包未必是合适的名字，例如名字就叫做download，此时一定要对其更名，例如：
mv download bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip

完事后注意更改环境变量，并使之生效。这是为了不必从绝对路径找到执行软件的位置去运行，那样可不就费事了嘛。

echo 'export PATH=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin/bin:$PATH' >>~/.bashrc 
这个/home/jianmingzeng/biosoft/myBin/bin是个例子，得要找到自己安装了的那个软件的位置。怎么找到？以安装GTK软件为例，先 ./gatk --help 能出来，然后 pwd 出来路径，例如 /home/vip18/GATK4/gatk-4.0.11.0  然后将这个添加到环境变量里。最后这么使之生效：
source ~/.bashrc

这事也可以这么干：
进入vim编辑，
vim ~/.bashrc
写进去，
export PATH="/home/jianmingzeng/biosoft/myBin/bin:$PATH"
使之生效，
source ~/.bashrc

注意，有的软件可能得如下这么干。我装的少，目前还没遇到，我就是先记下来而已
perl configureHomer.pl -install
pip install CrossMap --user
python setup.py install --user
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("qvalue")

几个软件的安装实例

sra-tools

搜索sra-tools得到该软件的官网，其他网站也可，能得到是关键。NCBI sra-tools软件官网：
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
找到下载这玩意儿的地方，右击获取下载地址，那就下载喽
wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz

解压喽
tar zxvf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz

调用确认能不能用喽
./sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump --help

featureCounts

搜索发现是在subread 软件官网http://subread.sourceforge.net/
要注意到名字并不相同（子软件）

下载，
wget -c https://sourceforge.net/projects/subread/files/latest/download
重命名，解压，
mv download subread-1.6.3-source.tar.gz
tar zxvf subread-1.6.3-source.tar.gz
安装，
cd subread-1.6.3-source/
make -f Makefile.Linux（编译。官网得知，需如此，照做即可。）
调用，
./bin/subjunc --help
./bin/featureCounts -h

samtools C安装法

进入samtools 软件链接,
http://www.htslib.org/download/
https://github.com/samtools/samtools/releases/
得到链接，下载,
wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
解压，
tar jxvf samtools-1.9.tar.bz2
编译和安装，
cd samtools-1.9
./configure --prefix=~/biosoft/samtools-1.9
make
make install
调用，
./samtools-1.9/samtools --help

vcftools C安装法

进入vcftools 软件链接，
https://vcftools.github.io/examples.html
得到软件链接，下载。注意master不是合适的识别名称，要改下
wget -c https://github.com/vcftools/vcftools/zipball/master
更名，解压，
mv master vcftools-vcftools-v0.1.16-13-gd0c95c5.zip
unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-13-gd0c95c5.zip
# export PERL5LIB=/home/qmcui/software/vcftools/vcftools_0.1.13/perl（这步，我不懂，也许不需要懂，照做即可。怎么知道要这么做？查看软件自带的readme.txt，或者搜索至官网甚至有安装示例）

编译和安装，
cd vcftools-vcftools-d0c95c5
./autogen.sh
./configure --prefix=/home/qmcui/software/vcftools....
make
make install

调用，
最后一步调用：
cd /home/qmcui/software/bin_configure/bin && man vcftools

注意，调用方法各例或有不同，如何知道？看官网说明，或搜索得知。

github下载安装（github 类似 conda）

进入htslib github链接,
https://github.com/samtools/htslib
下载,
git clone https://github.com/samtools/htslib 或者
git clone git://github.com/samtools/htslib.git
安装和编译，
cd htslib
make
调用，
./htslib/tabix --help
##############
wget下载法：
wget -c https://github.com/samtools/htslib/archive/develop.zip
unzip develop.zip
cd htslib-develop
make