2020-05-11利用conda+aspera+prefetch下载GEO上的原始数据

花了一个下午的时间，走了不少弯路，这个方法我觉得是最直接简便的，最后成功用几分钟下好1个G的数据的时候简直热泪盈眶

1.安装anaconda或者miniconda，我所有的步骤都是基于conda完成的

2.建立一个新的环境sradownload，以后每次进入这个环境下载就好了。服务器上装的还是过期的2.3版本的prefetch，我不太会卸，索性直接在自己的新环境下安装新版本

conda create -n sradownload

3.在新环境下安装prefetch和aspera，注意我写的版本！prefetch或者aspera版本太高太低了都不行，一定要合适！这是我试过的能成功的版本

conda install sra-tools=2.9.6 -y

conda install -c hcc aspera-cli=3.7.7

4. 安装好了以后，在这个环境下测试

prefetch -t ascp -a "/home/usr/anaconda3/envs/sradownload/bin/ascp|/home/usr/anaconda3/envs/sradownload/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" SRR11111111

5. 完成！其实看别人的教程也有人直接用ascp就能下载的，不用搭配prefetch,我也试了一下NCBI官方文档（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/）里的测试代码，其实是可以的。

ascp -T -k 1 -l 200M -i ~/anaconda3/envs/sradownload/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:1GB ./

6. 但关键是我找不到SRA的地址？？？为什么别人好像都可以比如下面，同样的代码，我来跑就是找不到地址啊，百般迷惑，进入NCBI存放数据的FTP目录下面也找不到sra-instant这个文件夹，不知道为什么

$ ~/.aspera/connect/bin/ascp -T -k 1 -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP004/SRP004493/SRR074387/ ./

7. 反正prefetch+aspera是不用具体的FTP地址的，只需要有个号码就行了，成功的示例如下，注意一定是fasp才算成功，常规情况是https，这种还是龟速