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ChIP-seq简介

在B站上找到一个介绍ChIP-seq的视频：A gentle introduction to ChIP-Seq。

ChIP-seq用于鉴定能被某种蛋白质结合的基因组区域

第1步：将所有蛋白以及蛋白能结合的DNA固定下来

包括我们感兴趣的蛋白

ChIP-seq简介_第1张图片

也包括其他蛋白

ChIP-seq简介_第2张图片
第2步：将DNA打断至300bp的片段
第3步：用可以结合我们感兴趣的蛋白的抗体去结合这些片段，并吸附
ChIP-seq简介_第3张图片
第4步：除去各种蛋白

得到我们感兴趣的蛋白质可以特异结合的DNA片段

ChIP-seq简介_第4张图片
第5步：加接头测序
ChIP-seq简介_第5张图片
第6步：数据过滤+比对到基因组

比对之后，可以得到很多位置区间

ChIP-seq简介_第6张图片
第7步：确定peaks
ChIP-seq简介_第7张图片
仔细理解上面一句英文

注意

  1. 需要对照（ChIP-seq的实验部分是类似的，唯一的区别是没有抗体结合这一步）
  2. 结合基因组浏览器更直观
  3. 需要统计学显著
第8步：是否可以找出motif
第9步：结合peaks的位置（也就是蛋白结合DNA的位置）推测对于基因表达的影响
ChIP-seq简介_第8张图片

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