生信软件（2018-05-28）

生信软件安装：

Miniconda

在conda的环境下下载生信软件是最方便的。

（2）使用conda install 命令安装各类生物信息学软件

<1> 数据预处理的软件：fastqc，multiqc

<2> 质量过滤软件：trimmomatic

<3> 无参转录组的比对软件：Trinity（提供转录组分析思路和流程）

<4> 参考基因的比对软件，hisat2、STAR（这个软件是使用安装包安装，必须使用绝对路径进行使用）

<5> Hisat2将数据进行比对完之后，使用samtools将sam文件转换为bam文件。使用STAR软件是可以直接数据保存为sorted.bam文件。

<6> 表达定量可以用STAR+featurecounts 代替 STAR + HTseq 的分析，featureconunt是下载subread中的一个包

<7> 差异分析：使用edgrR 或者 DEseq2，使用bioconductor安装

其他：

<8> Tree，将文件按照树状结构展示

<9> 使用conda安装R