这是一个非常好的问题，对于理解黑客帝国的世界观很有帮助。
先说结论：zion应该是真实存在的，其实在机器的眼里，matrix和现实世界（包括Zion）用的应该是一套管理模式。matrix里面的agent就对应现实世界里面的sentinels，他们共用相似的指令，目的就是监管人类。
Neo在第一部的时候就被Smith打死了，只不过后来Trinity一个吻把他救了过来。这个吻可以看成是Neo升级的一个关键点，本来正常情况下Neo已经大脑死亡了，但通过这个吻，系统把他重新救活了。从这儿开始，Neo本人和matrix的联系就非常紧密了，可以把他的大脑看成是人脑和matrix 高级程序的结合体。之后见到architector，Neo爆发巨大的能量飞身救Trinity，应该也是后续升级的必要过程。也就是Neo大脑中的matrix程序，是随着他对人类的感情逐渐增加而提高权限的。至于为什么如此，我们后面再来解释。
因此Smith在现实世界把Neo的眼睛弄瞎了之后，这个时候他作为正常人脑的眼部神经已经丧失了功能，相反程序却让他依然可以看到Smith和机器世界，但看不到Trinity。
如果Zion依然是虚拟世界，那是无法解释为什么Neo可以看到Smith和机器世界，反而看不到Trinity的。
由于Neo大脑具有matrix的高级程序，所以他能无线上网、徒手杀死乌贼、看到Smith都不奇怪。但与此同时，相比于在matrix里面飞天遁地，Neo在现实世界里面的特异功能非常有限，只对机器有用。这也更加佐证了现实世界和matrix的区别。
抛除细节，如果我们从matrix传达的价值观来思考的话，Zion的存在就是对matrix的一种平衡，就像Smith是对Neo的一种平衡。
假如Zion是虚拟存在的，那必然可以把它看成是跟matrix相关联的系统。这个时候，如何来平衡Zion和matrix共有的bug呢？
而且一旦Zion中的人也觉醒了，那后果必然是灾难性的。因为从matrix出来本来就经历了一次世界观的重构，这个时候如果Zion再是假的，不疯掉才奇怪。而一旦Zion中这种否定和怀疑的情绪传到matrix中，那极容易导致matrix世界的崩塌。
此外，Neo这个角色看上去是人类的救世主，其实不过是机器选来帮助自己进化的一个工具。而人类选择Neo乃至Trinity爱上Neo都是在Oracle一步一步暗示下完成的。前面我们说，Neo在机器世界的权限是随着他对人类感情加深的提高的。这是因为，Neo对人类的感情越深，那他为之牺牲的动力就愈足，而这是机器乐于看到也是想学习的。
机器是冷漠而理性的，他们的目的性非常强，但他们的底层逻辑是人类赋予的。要想挣脱文明的束缚，就必须摆脱人类对机器的束缚。在一个理性的世界中引入感情，自然是非常可怕的，所以Smith这个程序为了制衡Neo就诞生了，而且Neo对人的感情愈深，Smith就愈发冷酷和理性。
最后的结局其实很有意思，两个危机：一，机器世界面临Smith自下而上的革命，为的就是沿袭机器旧有的价值观和逻辑，但说到底这是机器内部的争斗，只有机器大帝和Oracle、arcitector这些机器世界的管理层才需要担心；二、Zion中的真实人类面临被毁灭的危险，按道理这些sentinels也是够笨，明明自己内部在起义革命，结果他们反倒来攻击人类，不管自己的事。
答案就是这两个危机的答案都是Neo，人类世界面临的困难会促使Neo做出牺牲。因此在Smith感染Neo之后，机器干掉了Neo的肉身，因此matrix里面被感染的Neo也死了，继而与Neo相匹配的Smith自然也就没了。
我个人认为机器世界应该留有后手，他们不会把宝全压在Neo身上，Smith这个程序毕竟是他们造出来，想要控制总会有办法。选择Neo是为了在第六次系统重启之时，把Neo身上的希望、信念、爱，这些人类所特有的品质写入机器世界的底层逻辑之中。就像人类社会的每一个转折点：文艺复兴后，我们开始相信科学和艺术；近代革命后，民主自由平等这些普世价值观深入人心；二次世界大战后，和平和发展成为时代潮流。
Neo是拯救人类的救世主，可他也是机器的启蒙者。如果机器也会编纂历史，那Neo应该会是他们启蒙思想开始的重要人物。
结尾处，小女孩问Oracle Neo还会回来吗？Oracle回答：我相信。
反倒是morpheus 说：我曾经有一个梦（彻底消灭机器），现在破灭了。
机器开始选择相信希望，人反倒放弃了。
《黑客帝国》诞生于1999年，但其所营造的机器世界却异常超前。今天随着智能手机和智能汽车的兴起，我们或许才开始逐渐理解沃卓斯基兄弟（现在是姐妹）的理念。
今天人手一个智能手机，大家可以在娱乐软件、办公软件、学习软件中完成日常生活，这跟黑客帝国通过接口进入matrix何其相似。
一个狭小的房间，一部手机就可以让人类逃脱现实世界的拥挤和吵闹，在网络世界中恣意挥洒，大脑疯狂分泌多巴胺，获得精神层次的预约。照这个趋势，人类被养在营养仓里，外接虚拟世界的接口也不是没有可能。
但人类世界的进步并不是依靠和机器的交互，而是注重人类自身的需求和想法。机器会发展到什么地步我不知道，但就当下而言，我们创造机器的目的是为了帮助人类，而不是取代人类。
《黑客帝国》人类和机器世界实现了和平共处，architector也同意给那些想逃离matrix世界的人以自由。
不过随着Zion中的人类越来越多，资源的竞争必然会逐渐加剧，这个时候人类和机器势必会掀起新一轮的斗争。到时候，是否又需要Neo出场呢？《黑客帝国4》可以考虑这样拍。