2019-05-19 mark第一次用R画图

首先，为什么要用R呢？我想用paper上同样的方法定量细胞运动轨迹，但是Chemotaxis Tool插件无法导入Manual tracking导出的data，应该是ImageJ的版本太新，导致两个插件不能兼容，但是尝试降级发现只能降到1.49，也不管用，所以开始想用别的软件试试。Cellprofiler安装后打开有问题，怪怪的。Imaris要收费，找了两次学校Imaging部门的人员想学这个软件，结果也是找不到人。但是呢，周一要跟老板talk，周二要讲组会，所以不管怎么样得想办法做个定量的图出来。

经过几天尝试各种软件，我发现其实大部分都是能做tracking，不管是auto还是manual，所以目前的问题就是怎么用导出的数据做xy折线图，而且要在一张图上显示多个轨迹。按理说excel应该就可以，但是我总觉得excel的图丑，然后查着查着发现R可能是个选择。

看过的几页R语言几乎没用处，所以上网搜教程，下软件，敲别人的代码研究研究，终于在周六的上午，搞出了跟理想中很接近的图，唯一不足的是我想只在轨迹终点显示dot，以体现运动方向，这个目前还没弄出来。

ok，代码如下：

> hui <- read.csv(file.choose())

> hui2 <- as.tracks(hui, id.column = 1, time.column = 2, pos.columns = c(3, 4))

> plot(hui2, xlim = c(-500, 500), ylim = c(-500, 500), pos = 0, cex.axis = 1.5, cex = 1)

哦对了，要先安装并且加载MotilityLab包，否则as.tracks不能用。尽管这几行代码运行过程中会有warnings，但是还是能运行出结果的。

当当当当~~

嘻嘻

嗯..仔细看看还是有问题的，颜色不够多，好像有共用一个颜色的轨迹，先看个趋势吧，下周去学软件，R嘛有机会再学一学，还是很强大的，四行代码就画出来了其实。