ACMG指南解读笔记（1）- PVS1

​ 白纸黑字，还有中文版，其实也没啥好看不懂的，读懂它理解它并没有那么难，而我想的是怎么去实现它，限于本人专业水平有限，若有错误还请包容。

​ 解读的多数内容基于ANNOVAR的注释！！！

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• 原文不贴了，大体的意思我理解的就是，这个突变导致基因功能完全被破坏，那么就定义为PVS1（pathogenic very strong ，这里的数字不代表等级，只是表示序号，以示区分），同时指南也提了几个注意的点。
  
• 既然想要脚本实现，那么比较直观的方法就是流程图了，下面直接贴出这个证据实现的流程图：
  

流程图

• 这是基于InterVar源码理出来的逻辑图
  
• 来理解一下：
  
  • frameshift，stopgain包含了指南中的无义突变、移码突变，说明一下，源码中还有‘nonsense’，但是该词条在ANNOVAR注释结果中是没有的（InterVar的筛选是基于ANNOVAR的），‘stopgain’可认为是‘nonsense’；同时“起始密码子变异”这一类变异在ANNOVAR中也是没有的，起始密码子在真核生物中可以认为只有AUG一种，如果发生变异了，只有一种情况，就是无法转录了，这种情况2/3能被检测出来并标为"exonic,splicing"，毕竟起始密码子就在RNA剪切位点上；“单个或多个外显子缺失”可以包含在上一种情况里；还有一个问题就是论文中作者提到了stop_less，但是在源码中似乎没有体现。
    
  • 第二点就是要判断这些变异会不会导致功能丧失，这一点直接判断是很不好判断的，InterVar的做法是对ClinVar数据进行处理，挑出存在于MedGen数据库中的相关变异，过滤掉高频变异（频率大于5%）以及一些结果矛盾的变异。最后挑出的基因列表里，每个gene中至少有一个变异在Clinvar中为“pathogenic”，并与ExAC对LOF容忍度打分很低的基因取了并集，最后得到了这么一个list（挂在github上了）。
    
  • 第三点，如果是在经典的剪接位点发生突变，这一点判断方法，主要是基于dbscSNV的打分来判断的，阈值是0.6，数据库在ANNOVAR上直接可以下载。
    
  • 同时指南有几个附加注意点：
    
    • 第一点我的解读就是判断某些突变的特异性，比如只有杂合错义突变时才致病, 而杂合无功能变异却是良性的，这个例子本身就是很特殊的，如果真碰到这个情况，且这种情况已知，那么一开始就可以特异性找出来或筛掉相关变异，如果一开始不知道，这一步也只是让某些变异有害性增强，在复查的时候也可以筛掉，所以影响不大。
      
    • 第二点主要体现在对于exon的选取，作者筛掉了在第一和最后一个exon上的变异，并在下一步过滤了倒数第一个exon（InterVar提供了相关列表，挂在github上了）上靠近3‘端50bp的变异，这里不太明白的是为什么要筛掉第一个exon上的变异，指南中似乎没有提到相关的要求，而InterVar论文中也没有相关说明；同样的指南有提到倒数第二个exon，这里也没有体现。
      
    • 第三点的一部分通过dbscSNV体现，其余的无法比较好的直接判断，所以没有体现，第四点，第五点同理，不好判断。
      
• 从上面的分析可以得到，对于ACMG指南，解读和判断经常是很难面面俱到的，有些时候只能尽量通过一些方法来辅助判断，但是在使用这些辅助手段的时候就要慎重，辅助手段本身是存在一定的偏差的。
  
• 总结一下我的问题和我觉得可以改进的地方：
  
  1. 起始密码子第三个碱基发生突变的时候，这种情况InterVar是如何考虑的，不知道是我没看明白还是InterVar没有考虑到，如果是后者，那么就可以针对改进了（即使这种情况可能性可能很低）。
     
  2. stop_less这种变异是不是可能会造成功能丧失，作者论文中提到了，从我的逻辑来说应该是不太可能会的。
     
  3. 功能缺失基因列表如果能采用Clinvar结合HGMD，那么应该能更准确一点，这一点有条件的小伙伴完全可以考虑一下，更新list的。
     
  4. 不太明白为什么要过滤掉第一个exon上的变异，以及为什么没有过滤掉倒数第二个exon上的靠近3‘端50bp的变异。
     
• 以上问题非常欢迎各位交流指导！！！
  

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