纳米孔测序技术如何?

测序与纳米孔测序

纳米孔测序技术如何?_第1张图片

测序,在过去若干年的发展中,逐渐成为生物信息学中最重要的组成部分。核酸信息是生物信息的主要内 容,在代际间传递遗传信息,在生长中表达蛋白,核酸起着至关重要的作用,测序是对核酸信息的解读, 对全面了解一种生物起到基础性的作用。

为了更深入了解到生物的全貌,测序技术从上世纪开始发展,至今也已经是第三、第四代测序技术了, 甚 至已经逐渐弱化掉了代际的问题,对第三代、第四代甚至是更高代的测序的提法已经鲜有听到,更多的会 讲纳米孔测序技术,单分子测序技术等等。在ONT的Nanopore Day中,ONT的销售说他们自己不提自己 是第几代测序,说他们现在在做的是倒数第二代测序技术,终极的测序解决方案是利用物理孔对分子进行 测序。

最近,我对纳米孔测序技术的实现方法进行了一个相对系统性的回顾,希望能够从目前各个主流的纳米孔 测序过程的实现分享纳米孔技术的目前发展状况和未来发展前景,在未来的若干年内,单分子测序技术定 会大有作为。

纳米孔测序的基本流程

针对生物样本,测序的流程大致相同,都需要经过:文库构建➡纳米孔检测➡数据读出与记录➡序列分析 等主要流程,我们将纳米孔测序的主要流程以及基本大致原理绘制成了下图:

纳米孔测序技术如何?_第2张图片

                                           纳米孔测序的基本流程

上图左侧是纳米孔测序建库的两种方式,分别是ONT纳米孔的1D建库方式[1]和PacBio的SMRTbell的建库 方式[2]右图下方电流示意图为纳米孔感测过程的电流示意图,为原始数据的展示。[3]

目前主流的纳米孔检测方式的实现是依靠纳米孔实现核酸的单链进入,从而实现单个分子的检测,在这个 实现过程中,待测序链通过纳米孔以及检测器获得核酸链的碱基信息。我们需要注意到的是,单个核酸分 子的尺寸极小,单个链的通行速率在纳米尺度内仍是极快的,在具体的实践中,工程师们在纳米孔通过过 程中加入了减速物,通过分子间的作用,控制核酸分子通过的速率,以此来满足下游检测的灵敏度问题。

针对纳米孔的检测方式有许多种,最终的信号读取均为电信号,从而转化为序列信息,包括采用光信号响 应的解决方案,也会将光信号通过光学传感器转化为电信号,并得到结果读出。因而,采用纳米孔的测序 技术,最终归结下来,是对电信号的收集、整理、转化与数据读出。只是不同的实现方式采用了不同的技 术手段罢了。

接下来会主要介绍几个类型的已经开始商业化的纳米孔测序解决方案。

已商业化纳米孔测序解决方案的原理介绍

目前已经商业化推广的纳米孔测序方案不多,截至2019年5月份,仅检索到3个相对比较完整的纳米孔测序 方案,包括PacificBiosciences,Oxford NanoPore Technology和Ontera三家主要的公司。图中三个方 案从左至右为PacBio、ONT和Ontera的解决方案,最左侧的图片展示的是PacBio的PacBio Sequel II System[4],即PacBio公司提供的测序仪,PacBio占据了时间优势,已经有许多用户用到了这个测序产 品,也发表了很多论文;中间图片为ONT的系列产品[5][6],完整展示了从便携式Flongle到MinION,再到 GridON,再到PromethION的不同测序通量的测序仪器,是我认为目前完成度最高的产品,无论是从通量 满足还是检测算法,抑或是结果读出,都做到了非常完备,随着芯片研发进度的推进,会实现更高精度的 测序过程;最右侧的是我认为未来感最强的产品,Ontera公司前身是Two Pore Guys,中文译为双孔人, 它的官网显示Ontera的初代产品会在2020年3月左右可以拿到样机[7],也仅限拿到单孔的测序产品,在双 孔或者是多孔的测序检测方案进度应该是还需要更多的路需要走。

纳米孔测序技术如何?_第3张图片

各个公司的测序解决方案各有优劣,采用着不同的实现方式。

1.PacBio

PacBio的测序解决方案沿袭了二代测序的一些技术,可能这也是illumina对PacBio更加青睐的原因,2018 年11月有消息报道Illumina以12亿美元收购了PacBio[8],给PacBio的发展注入了一股强有力的助力,但是 需要注意的是PacBio在前些年和罗氏有着千丝万缕的联系[9],罗氏也投入了巨额的资本在PacBio的发展路 途中,至于罗氏和PacBio为什么分手我会在后面做一些猜测。

PacBio的测序原理在这个视频中讲的很清 晰,可以参考。 PacBio的测序实现采用的仍旧是边合成边测序,但是与二代测序的桥式PCR以及DNA分子簇不同的是,它 在纳米孔中实现核酸复制的过程。在PacBio的SMRT芯片底部固定有DNA聚合酶,在测序的过程中,游离 的荧光标记核苷酸分子在DNA聚合酶的作用下,以待测序链为模板进行DNA的扩增过程,带有荧光标记的 核苷酸分子被底部光源照亮,不同核苷酸分子带有不同的荧光标记信号,从而可以通过判别其荧光信号来 判断结合到核酸链上的核苷酸分子的类别,从而计算出待测序链的序列。

PacBio的一项核心技术叫做零模波导孔技术(Zero-Mode Waveguides,ZMWs)[10],这项技术利用的 是纳米孔的一个特性,激发荧光标记的核苷酸分子的光只能照亮纳米孔底部的很小一部分区域,而不能穿 透纳米孔,因而可以检测到合成位点的核苷酸分子上面带有哪一种碱基。据说这项技术是源于科学家对微 波炉的观察[11],科学家发现在微波炉中,可见光可以通过微波炉门上的小孔,但用于加热食物的微博就没 有办法通过微波炉门上的屏蔽网,因而利用这样的特性,实现纳米孔对荧光信号照射范围的约束和限制。

纳米孔测序技术如何?_第4张图片

                ZMWs孔测序原理示意

PacBio的测序实现中,创造性地将不同荧光分子标记在了各种碱基类型磷酸基团上,标记在磷酸基团上的 荧光分子可以最大限度上减少其对核酸合成过程的影响,消除测序的负面影响,从而提升测序的准确性。

值得一提的是,PacBio测序解决方案中,提出的SMRTbell建库方案[12]为纳米孔测序提供了非常新鲜的思 路,与二代测序把核酸链打断成为小片段的方案不同,PacBio在双链DNA两端接上了两个环状的接头,使 得双链核酸分子形成环形,在测序的过程中,环形分子中的各个核苷酸均可以被检测。得益于环形分子, 在DNA聚合酶的驱动下,可以实现互补链的核苷酸可以分别被合成一次,从而显著提升测序的准确性。在 实际的测序过程中,这样的循环会发生十余次,从而实现优异的长读长准确测序。

纳米孔测序技术如何?_第5张图片

SMRTbell建库方案

PacBio到2019年已经有十年的时间了,无论是方法创造还是技术积累,都已经有了比较长足的发展,是纳 米孔测序技术的一组中坚力量。但在我看来,相比较后面陈述的两种测序方案,在方法的最终实现中,会 落后于另外两个方案。原因是PacBio依靠的是DNA聚合酶作用下的核酸扩增过程,DNA扩增在人体内仍不 能进行完全正确的匹配,更何况是在体外的实验环境中,即便会进行环形的扩增过程,仍不能做到理论上 的100%。此外,在PacBio的解决方案中,采集的是荧光标记核苷酸的荧光信号,在数据获取中从核酸信 息转换到了光信息再转化到电信号,经历复杂的信号转化和传输过程,实现起来并没有那么直接,因此对 于解决方案的完成度而言,我更倾向于后面两个公司的解决方案。

2. Oxford Nanopore Technology

ONT提出的纳米孔测序解决方案是我了解到的第一个单分子测序技术,有一些先入为主,总体感觉下来牛 津纳米孔提出的纳米孔解决方案会更有优势,但不得不承认,ONT的纳米孔方案是一个目前而言应用起来 很"漂亮"的一个技术。 牛津纳米孔测序手段的实现得益于蛋白孔的成型和在测序中的应用,具体而言,采用[13]溶血素[14]作为核 酸分子的纳米通道,通过判断核酸跨膜过程的电流变化从而实现测序过程。α-溶血素是一个由7个蛋白构成 的蘑菇状结构[15],在结构中有帽型区、边缘区、主干区几个主要组成部分[16],最小的孔径为1.4nm,允 许3kDa的分子通过,适合用于核酸分子的检测。

纳米孔测序技术如何?_第6张图片

α-溶血素结构示意图

测序解决方案中有一个至关重要的问题是需要解决检测器的灵敏度问题,单个核苷酸分子足够小,即便是 在100-200mV的电压作用下,核酸链通过纳米孔的速度仍然非常快,如何通过检测器检测到单个的核苷酸 分子信息是摆在工程师面前的一大难题。在Oxford Nanopore的介绍视频中[17]是整条链通过纳米孔,通 过在待测序链中加入一个“马达蛋白”,实现对核酸分子的减速过程,核酸链通过纳米孔后,核酸链仍保 持完整。但在纳米孔测序方法创始人Bayley发表于2009年的一篇论文中[18],论述的检测方式是在纳米孔 上方加入一个核酸外切酶,或者是在测序溶液中加入核酸外切酶,将核酸链上的碱基逐个剪下,通过对溶 血素进行改性,延缓单个核苷酸分子通过纳米孔的时间,来满足检测的时间分辨率要求,这个过程示意在 下图中。

纳米孔测序技术如何?_第7张图片

纳米孔测序过程示意

3. Ontera

Ontera的前身是Two Pore Guys,作为一家科技型独角兽企业,也是受到了资本的青睐,在2017年拿到了 2450万美元的投资[19],终于预计在2020年能够拿出第一代可以商用的产品。Ontera同样是采用纳米孔的 测序方式,但与Oxford Nanopore Technology区别在于它采用了固态孔,而不是ONT采用的蛋白孔,在 物理结构上也从ONT的竖直方向运动改变为水平方向上的核酸链运动。

Ontera的解决方案在物理上提供两个距离足够近的孔,从而双链DNA的每一条链可以同时进入两个孔中, 当核酸链分别进入相邻的两个纳米孔中时,通过对两个纳米孔施加不同的电压,核酸链会出现类似拔河 ('tug-of-war')的效果[20],利用电压变化也可以控制核酸链进入纳米孔的速度,从而可以消除核酸链在 测序过程中的折叠或者是易位的错误。

纳米孔测序技术如何?_第8张图片

双孔测序方案

在论文中谈到,鉴于双孔的特性,不会对核酸链造成折叠从而引起测序的误判,从而对纳米孔的尺寸要求 没有那么高,甚至可以采用25nm以上的纳米孔进行实际的测序流程,这样大大降低了固态纳米孔的加工难 度,也对整个测序芯片的成本抑或是测序的成本有一个合理的控制。

When λ-size DNA passes through a large (> 5 nm) nanopore, the probability of folding occurring during translocation is high (~60-70% for pores in the 10-14nm range). We find active tug-of-war control significantly reduces the folding probability, even for the large (> 25 nm) pores used here. Under optimum conditions more than 79% of events with active tug-ofwar are unfolded and almost all the remaining folded events decay to unfolded events while tug-of-war control is maintained.

当然,话说回来,我并不不认为可以降低多少加工难度,仍旧是刀尖上的舞蹈。电子电路的发展近年来已 经稳定在14nm工艺,激进的一些芯片企业已经进军7nm,尽管纳米孔测序芯片和电子芯片在用途上有所 区别,但是加工成型工艺中也难免会有可借鉴的地方。在目前而言,尽管25nm的芯片成型工艺可能不成太 大问题,但面对更复杂的液体反应环境,仍是很大的考验。

目前集中主流的商业化的纳米孔解决方案的原理大概是这样的,技术各有千秋,各个公司也在不断改良技 术、细化解决方案,在专利领域也掀起了一场血雨腥风。

纳米孔相关专利概览

目前我对纳米孔国内的相关专利进行了整理,主要途径是SooPat和专利汇两个网站,以“纳米孔”+“测 序”为关键词检索或以“纳米孔”为关键词检索,以“测序”进行二次检索,两个网站分别检索到213件和 415件专利。

专利汇提供公开的专利数据分析服务,目前而言,大部分纳米孔的专利仍处于申请阶段,已授权专利数量 有限,其中以罗氏、东南大学和吉尼亚公司位列前三,而吉尼亚公司早在2014年被罗氏收入囊中[21],也 就是说,就目前国内专利情况而言,罗氏具有绝对的数量优势,这也不难解释为何罗氏抛下了康健成长的 PacBio,当然其中也有PacBio的野心不被罗氏满足的抗争过程[22],不过PacBio也不算挫败,搭上了 Illumina的这艘大船[23],这就是另外一个故事了。在纳米孔的领域,国内的高校走在了前面,东南大学和 北京大学申请或者拿到了一些石墨烯纳米孔的专利,北京大学的团队和哈佛大学的团队在生物纳米孔中也 占有一席之地,加利福尼亚大学董事会和加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司拿到了SMRT的相关专 利。华大也是其中不可获取的中坚力量。

纳米孔测序技术如何?_第9张图片

不过值得注意的是,在一篇国家知识产权局专利局专利审查协作四川中心马妍妍在2017年发表的论文中拿 到的重要专利人的申请数量中,和检索软件检索到的排序信息有所出入,甚至数量上远多于检索工具中查 询到的数量。国际商业机器公司、日立、浙江大学、双孔人、中科院重庆绿色智能技术研究所等申请人悉 数出现在榜单上,大概这个申请数量更贴合实际的申请情况。[24]

纳米孔测序技术如何?_第10张图片

论文中报道的申请人专利申请数量

从时间上看,近年来申请数量有所减缓,2015年是纳米孔专利公开的高峰,大量纳米孔专利在2015年、 2016年扎堆公开,也可见在2016年以后,对于纳米孔的整个发展进度没有之前那么快了,先锋企业已经进 入成熟技术的改良期,又没有出现新的颠覆性的技术手段,也正是证明了纳米孔测序的行业正式走入了商 业化的阶段,在测序市场上将会展开一场血雨腥风的战争。

纳米孔测序技术如何?_第11张图片

纳米孔专利中报道的技术细节

专利作为纳米孔测序技术的法律保障,在公布的专利文本中,报道了大量的测序方案实现的技术细节,可 供参考。纳米孔测序技术大户罗氏或者是吉尼亚科技在纳米孔测序中布局良久,不仅专利数量众多,专利 文档详尽之极难以想象。接下来会对罗氏或吉尼亚和双孔人的专利中讲述的一些我所感兴趣的技术细节简 要分享一下。

罗氏/吉尼亚科技专利

吉尼亚科技专利中的纳米孔测序方案采用的是蛋白孔的测序方法,整个的实现方案和Oxford Nanopore Technology 介绍的原理以及具体的实现方式具有极高的相似性,甚至我认为如果吉尼亚科技或是罗氏对 ONT提起专利诉讼,ONT有大量的技术细节是无法逃过这些专利的火力覆盖,ONT近年来稳步发展,应该 与两公司达成某些协议不无关系,但并没有检索到相关的公开信息。

具体而言,吉尼亚科技在国内目前可以检索并下载到的专利包括《用于在纳米孔中操作分子的系统和方 法》《用于生物化学应用中极低电流测量的噪声屏蔽技术》《基于纳米孔的分子和检测与测序》《芯片设 置和高精度核酸测序》《使用标记的核算测序》《产生用于纳米孔传感器的双层的方法》《纳米孔阵列》 《用于在生物芯片上形成脂质双层的方法》《在纳米孔单元阵列中的非法拉第的、电容性耦合的测量》 《使用纳米孔的高速分子感测》《用于在纳米孔中操作分子的系统和方法》《实用堆叠晶片技术的机遇纳 米孔的测序芯片》《导出纳米孔阵列的测量结果》《用于纳米孔系统的位点特异性生物缀合方法和组合 物》《双分子层形成的电气增强》,囊括了从纳米孔制备到测序结果读出的全过程,这些专利文档相互交 叉引用,页数加在一起长达717页。

2015年后,罗氏在此基础上又申请了《印刷电极》《利用变化的电压刺激的基于纳米孔的测序》《a-溶血 素变体》《用以减小数据大小的纳米孔的编码状态改变》《多肽标记的核苷酸及其在通过纳米孔检测的核 算测序中的用途》《纳米孔测量数据的自适应压缩和修改》《存储纳米孔测量样本的模拟存储器的差分输 出》《含氟聚合物作为疏水层以支持用于纳米孔的脂质双层形成的用途》《实用氮化钛作为反电极》《在 纳米孔测序测定池中抵消渗透不平衡》《长寿α-溶血素纳米孔》等等专利,更是为纳米孔测序技术的专利 网络添加了许多新的希望和可能,这部分专利页加在一起也有579页。也就是说,将吉尼亚科技的专利和罗 氏的专利加在一起,仅在国内就有近1300页,数量巨大,细节丰富。

对于纳米孔的制备而言,吉尼亚的专利中提供了一个比较清晰的组装示意图。

纳米孔测序技术如何?_第12张图片

溶血素纳米孔示意图

纳米孔[25]是镶嵌在磷脂双分子层中的,磷脂双分子层采用的是DPhPC[26](1,2-diphytanoyl-sn-glycero3-phosphocholine),在磷脂双分子层外侧有由不定性癸烷组成的绝缘膜层,实现上层电路和下层电路的 隔断。核酸分子链在电压的作用下,通过纳米孔结构,在下方的电路中感知电流变化,并将电流变化信号 通过一系列的处理,最终反馈到用于的计算机上,呈现出来测序的碱基种类。

纳米孔测序技术如何?_第13张图片

磷脂双分子层分子式

在微电流感测中,专利中提到了两个电流感知方案,分别叫做法拉第传导驱动的电流检测方案和非法拉第 传导驱动的电容性耦合的测量。法拉第传导驱动的电流检测方案利用溶液中氯离子和银电极的反应来生成 电子,从而传导电流,完成测序电流的检测。

纳米孔测序技术如何?_第14张图片

法拉第传导驱动的电流检测方案

而非法拉第传导驱动的电容性耦合检测方案[27]创造性地解决了银电极损失的问题,更是将检测方案抽象 化,将纳米孔作为一个阻抗和容抗的组合,把纳米孔作为电子电路的一个元器件来看待,核酸分子或者蛋 白等其他大分子通过纳米孔的过程,会引起阻抗和容抗的变化,从而减小电路中的电流,更容易将其整合 至完整的测量电路,实现高效的核酸链测序。

纳米孔测序技术如何?_第15张图片

Ontera的双孔测序方案实施细节

在双孔的测序方案专利中,有单独一个专利[28]是在讲如何实现纳米孔的制备过程,Ontera采用的是固态纳 米孔,在专利中具体而言是一个硅基的纳米孔装置。

https://www.zhihu.com/video/1115383451469099008?autoplay=false&useMSE=

双孔测序芯片制作流程示意

主要的实现方式是在硅基底上生成两个大尺度的腔室,在这个基底上方覆涂一层极薄的氮化硅膜层,在这 个膜层上打开纳米孔。这个膜层最初需要生长在一个硅晶片上,再采用物理或者化学的方法将其转移至带 有腔室的硅基底上。在实际操作中,科学家们发现硅晶片和氮化硅无法很好地剥离,从而加入了一个牺牲 层,在一个具体的实施例中,加入了镍金属层,通过氯化铁的作用即可将牺牲层剥离,从而分离硅晶片和 氮化硅膜。

https://www.zhihu.com/video/1115384655586672640?autoplay=false&useMSE=

带有牺牲层的双孔芯片成型示意

将氮化硅膜层和硅基底粘合后,在膜层上打孔,并在其上方加入可容纳含有待测序核酸链液体的PDMS腔 室层,即可完成完整的双孔纳米孔测序芯片。

测序和未来的测序

作为刚刚接触纳米孔测序的我,其实没有很大的权威性来评价这些技术,只是从一个潜在的用户角度,从 表面上了解了纳米孔测序的实现方式,技术原理和具体的解决措施。PacBio背后有Illumina基于光学检测 的成熟解决方案,在纳米孔测序的市场中定会有它的一席之地。而对于牛津纳米孔和Ontera这样的非扩增 过程的测序,我更愿意将赌注押在它们身上。

Illumina的二代测序仍不会过时,纳米孔测序在短读长上的问题不是一朝一夕就可以解决甚至成本低过二 代测序,纳米孔测序作为极有力的补充,完善了长读长的测序方案,在更大维度上的基因认知、基因工程 上会绽放出更多的光芒。

随着云计算的发展,基因上云已经成为了现实,ONT的测序平台已经借助AWS的东风起飞,在国内也已经 开始部署阿里云为国内用户提供更优质的服务,未来测序领域的云端化势在必行,辅以完善的精准医疗体 系,基因疾病可能是无处遁形了。

再说远一点,DNA作为存储介质也是被科学家们反复提及的未来场景,如果有朝一日DNA测序能够实现极 低的错误率,DNA存储指日可待。

 

RNA:

纳米孔测转录组可以计算表达量,PacBio不行。

PacBio可以测PolyA长度,纳米孔暂时不行。

DNA:

纳米孔更长,但是没自校正,准确率不如PacBio。

纳米孔组装需要更长时间。

纳米孔更便宜,更灵活。

 

作者:Tang Boyun
链接:https://www.zhihu.com/question/26107608/answer/63975327
来源:知乎
著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。

F1000Research Article: MinION Analysis and Reference Consortium: Phase 1 data release and analysis.

-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
纳米孔之后还有量子孔测序,转自PacBio主程 Jason Chin的吐槽:

I currently work for PacBio as a bioinformatist developing some methods to handle single molecule data and genome assembly properly.

 

Recently, I feel I am so lacking of vision. I have spent most of my time helping to develop methods in hope that they will be useful for the scientific community to use PacBio data. While we were developing those methods, as far as I could tell, many of those ONT fans had zero vision about them. We openly revealed those methods for the benefit to the scientific community to understand the value of PacBio’s and PacBio-like data. We naively assumed ONT would generate some great data with raw single molecule read accuracy > 96% as what Clive presented in 2012 AGBT. If so, those ONT fans would not need to use any of those methods we had developed. After a while, we find out that some of the visionary ONT fans are finally “inspired” to use some of our methods for processing some ONT data and publishing papers to show some values which some of those fan questioned about before. Without any new inspiration to me, I feel so dwarfed thinking how visionary the company was when they promised to build a world class bioinformatics center to develop bioinformatics method in Oxford back in 2011 ( Oxford Nanopore Opens New Bioinformatics Center in Cambridge, Will Expand Informatics Staff).

 

Maybe it is just also from many other questionable scientific and business practices that trigger me to feel that I am in my mid-life crisis. I think one good way to get out of it is to learn to be a visionary man like @BioMickwatson. So, I start to think how I can start my own company to develop a quantum pore DNA sequencer soon.

 

Here is my vision: all sequencing and bioinformatics will be done with quantum computer with latest spintronics on a single graphane sheet. All you have to do is to put the graphane patch on the bottom of your Apple Watch, your genome sequence data will be transferred to the Cloud every 15 minutes (through HLTE, Hype-long-term evolution network, wireless throug hyperspace spectrum, of course). After analyzing with STP-WGAA (space-time-population whole-genome-assembly-association), the drug you need to keep your visionary view for the day will be on your office desk even before you get into your office in a Google self-driving car or through Elon Musk’s Hyperloop. Not only that, proper p-value for keeping your visonary view against whatever null hypothesis will be calculated and send to journal editors and reviewers to justify certain words used in the conclusion section of a news-worthy paper. Or, better, it also automagically produces papers because they are news-worthy as no scientific study is actullay needed to be done to get scientific results. (The best part is that it fixes my crappy English spelling and grammar in the process.) What a wonderful world!! The imagination is unlimited!! I will be retired in months after successfully hiring my CPO while many graduate students or postdocs will be figuring how to pipette into a graphene sheet or using a spintronics driving quantum computers in the years to come. (Did I say no pipetting nor bioinformatics needed?)

 

Life is too short. Now I feel inspired and visionary again. I should be hiring soon. First start with a CPO. What can be a more exciting job than a CPO!! Not surprisingly, my prototype already shows the p-value that this company will not be successful is less than 0.05. Join me! No resume of scientific research experience required. Experience for proper commercialization or production development undesirable. No one needs to write a product specification anyway. Rejection for sure if you try to make any scientific or business sense out of this. Also, if you already have public funding resource, our investors will prefer that you keep getting paid by that. High K-index impact guaranteed among cargo cult scientists’ club.

 

Opinion mine. Writing in a personal computer and in personal time. All Facts.

作为生物信息学家,我目前在PacBio工作,开发一些处理单分子数据和基因组组装的方法。


最近,我感觉自己的视力很差。
我花了大部分时间来帮助开发方法,希望它们能对科学界使用PacBio数据有用。
在我们开发这些方法的时候,据我所知,许多ONT的粉丝对它们一无所知。
我们公开了这些方法,以帮助科学界理解PacBio和类似PacBio的数据的价值。
我们天真地假设ONT会产生一些具有原始单分子读取精度的伟大数据。
96%是克莱夫在2012年AGBT中提到的。
如果是这样的话,那些ONT爱好者就不需要使用我们开发的任何方法了。
过了一段时间,我们发现一些有远见的ONT粉丝终于“被启发”,用我们的一些方法来处理一些ONT数据,发表论文来展示一些粉丝之前质疑过的价值观。
对我没有任何新的灵感,我感到相形见绌的思维富有远见的公司是如何当他们承诺建立一个世界一流的生物信息学中心开发生物信息学方法在牛津大学早在2011年(在剑桥牛津纳米孔打开新的生物信息学中心,将扩大信息人员)。


也许正是由于许多其他有问题的科学和商业实践,才让我觉得自己正处于中年危机之中。
我认为摆脱这种困境的一个好方法就是学着做一个像biomickwatson那样有远见的人。
所以,我开始思考如何尽快建立自己的公司来开发量子孔DNA测序器。


我的设想是:所有的测序和生物信息学都将用量子计算机和最新的自旋电子学在一张石墨纸上完成。
你所要做的就是把graphane补丁放在你的Apple Watch底部,你的基因组序列数据每15分钟就会被传送到云端(当然是通过HLTE,高长期进化网络,通过超空间频谱的无线传输)。
通过STP-WGAA(时空人口全基因组组合关联)分析后,你需要的药物就会出现在你的办公桌上,甚至在你乘坐谷歌自动驾驶汽车或通过埃隆·马斯克的超级高铁进入办公室之前。
不仅如此,我们还会计算出适当的p值,以保证你的visonary观点不受任何无效假设的影响,并将其发送给期刊编辑和审稿人,以证明在一篇有新闻价值的论文的结论部分使用的某些词是正确的。
或者,更好的是,它还可以自动发表论文,因为它们具有新闻价值,因为不需要进行任何科学研究就可以得到科学结果。
(最棒的是,它在这个过程中修正了我蹩脚的英语拼写和语法。)
多么美好的世界!!
想象力是无限的!!
在成功聘用我的CPO后,我将在几个月内退休,而在未来几年,许多研究生或博士后将研究如何将移液管移入石墨烯薄片,或使用自旋电子学驱动量子计算机。
(我说过不需要移液管或生物信息学吗?)


生命太短暂了。
现在我又有了灵感和远见。
我很快就会招人了。
首先从CPO开始。
还有什么比CPO更令人兴奋的工作呢!!
不出所料,我的原型已经显示这家公司不会成功的p值小于0.05。
加入我吧!
无需科研经验简历。
有适当的商业化或生产发展经验者不可取。
没有人需要写一个产品规格说明书。
如果你想从科学或商业角度考虑的话,肯定会被拒绝。
此外,如果你已经有了公共资金资源,我们的投资者会希望你继续通过公共资金获得回报。
高k指数冲击保证在货运狂热科学家俱乐部。


我的意见。
在个人电脑和私人时间里写作。
所有的事实。

你可能感兴趣的:(纳米孔测序技术如何?)