imageJ 如何下载plugin_ImageJ实用技巧——3D渲染动画(插件篇)
怎样更好、更清晰地展示3D图像，一直是一个难题。通常人们会利用专业的软件，来生成3D的渲染动画，例如Imaris、Amira等软件，但这些软件一般需要收费。
ImageJ在3D Viewer中自带有3D渲染动画的功能，但只能记录手动变换或者物体旋转360度，不能精确地定义动画的角度、放大缩小倍数等参数，具有很大的局限性：
Treasure琛：ImageJ实用技巧——3D可视化及测量(定量分析篇)zhuanlan.zhihu.com
发表于Nature Methods的这篇文章，为解决这个问题提供了新的方法：
研究人员开发了一个ImageJ插件——3Dscript，该插件实现了简单基于自然语言的语法，快速创建高质量的3D / 4D动画[1]。
插件官网说明如下：
3Dscriptimagej.net
插件说明：
3Dscript_Manual.pdfbene51.github.io这篇文章就为大家介绍，怎样利用3Dscript快速生成3D图片的渲染动画，做出CNS paper级的展示效果。
一、插件安装
打开更新页面（Help->Update...）
等一会儿就会出现下面这个页面，点击Manage update sites。
因为3Dscript的update site还没有集成在里面，所以需要手动添加：
- 点击 Add update site
- 在第一格输入名称: 3Dscript
- 在第二格输入URL: https://romulus.oice.uni-erlangen.de/updatesite/，回车
- 然后点击Close，最后点击Apply changes。
安装完成后重启Fiji，即可看到3Dscript这个插件。（Plugins -> 3D script）
二、插件使用
这里以斑马鱼为例：
打开图片之后先进行校准（Image -> Properties）
打开插件（Plugins -> 3D script -> Interactive Animation ）
插件会自动生成一个可交互的3D图片，总共有6个参数可调：Contrast、Transformation、Cropping、Bookmarks、Output、Animation。
1、Transformation——获得变换的位置坐标
这里可以通过坐标来精确定位，用鼠标滚轮放大缩小。这样就可以得到变换的精确参数。
因为这里的参数，并不是对动画的初始定义。
2、Output——调整输出图片大小
这里需要注意，插件为了提高处理速度，自动将图片Downsample了，例如原本图片是1407×621，输出的图像只有469×207。
如果想要更高清的动画，可以调整这两个参数，同时也可以设置需不需要边框和比例尺。
3、Animation——设置动画
这篇文章主要关注Animation，也是这个插件的亮点所在。
点击Animation旁边的show：
点击Start text-based animation editor，可出现编辑对话框：
这里的编程十分符合自然语言，即告诉插件，每一帧需要做什么操作。且具有自动补全提示功能。
（1）首先定义起始位置坐标，在对话框中输入a，即可自动补全：
At frame //enter frame number这里想要在第一帧，即frame 0 ，将图像旋转90度，点击run即可得到第一帧的图像。
（2）定义图像动画，在对话框中输入f，即可自动补全
At frame 0 rotate by 90 degrees around (90, 0, 0) //Click Enter to start new line
From frame 这里定义动画的旋转方式，例如0-100帧水平旋转360度，100-200帧垂直旋转360度：
动画效果：
除了旋转，还有放大，非线性变换等功能，可以看Manual以及论文进一步学习。
运用熟练后可以做出十分漂亮的3D渲染动画（Supplementary Video 1）[1]：
（3）动画保存
点击Run以后会自动生成一个动画的Stack，可以保存为Avi、Gif等格式。
参考这篇文章：
Treasure琛：ImageJ实用技巧——图片序列转GIF和视频(基本功能篇)zhuanlan.zhihu.com
参考文献：
[1]. Schmid, B.; Tripal, P. & Fraaß, T. et al. (2019), "3Dscript: animating 3D/4D microscopy data using a natural-language-based syntax",Nature methods16(4): 278–280, PMID 30886414.
如果对于ImageJ使用有什么问题可以私信我，或者给我发邮件：[email protected]
更多教程可以关注我的专栏：
ImageJ实用教程zhuanlan.zhihu.com
希望对大家有帮助~