复现《nature communications》图表（五）：GWAS曼哈顿图和qq图复现

NC文章的全基因组部分，关于GWAS的一些图本来不想复现，但是看到近期很多文章包括单细胞总是会挖掘GWAS用于自己的研究，而小编负责的课题也涉及到这一部分，所以还是决定试一下。

复现的图是文章的FigureS6，数据下载链接（a，b图的）：ftp.ebi.ac.uk:/pub/databases/gwas/summary_statistics/GCST90014001-GCST90015000/GCST90014052/GCST900140 52_buildGRCh38.tsv.gz

画曼哈顿图和qq图有很多包，例如qqman，ggplot也能实现。而这个文章中的图很明显用的是CMplot包，所以我们用这个包做图。

将下载的数据读入：

setwd("D:/生物信息学")df <- read.table("GCST90014052_buildGRCh38.tsv.gz",header = T,sep = "\t"

 

安装软件包：

install.packages("CMplot")library(CMplot)

这个包比较简单，只有一个函数CMplot，CMplot可以画很多图，曼哈顿图、QQ图、SNP密度图、圆形曼哈顿图等。可以单独画一个性状的曼哈顿图，也可以同时画多个。这次的例子画单个的即可！

函数参数的基本解释如下：

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Pmap 数据文件col 设置颜色cex 点的大小pch 点的形状band 设置染色体之间的间隔ylim 设置y轴的范围cex.axis    设置坐标轴字体的大小plot.type   设置不同的绘图类型，可以设定为 "d", "c", "m", "q" or "b"，m为曼哈顿图，q为QQ图，c为环状曼哈顿图等xlab    设置x轴标签ylab    设置y轴标签threshold   设置阈值并添加阈值线threshold.col   设置阈值线的颜色threshold.lwd   设置阈值线的宽度threshold.lty   设置阈值线的类型amplify 设置是否放大显著的点signal.cex  设置显著点的大小signal.pch  设置显著点的形状signal.col  设置显著点的颜色LOG10   设置是否对p-value取log10对数conf.int.col  设置QQ图中置信区间的颜色

画图曼哈顿图，结果与文章稍微有点不同，但大致一样，可能细节上的参数不一样！​​​​​​​

CMplot(df,plot.type = "m",       threshold = c(0.01,0.05)/nrow(df),       threshold.col=c('grey','black'),       threshold.lty = c(1,2),threshold.lwd = c(1,1), amplify = T,       signal.cex = c(1,1), signal.pch = c(20,20),signal.col = c("red","orange"))

 

画QQ图，这图与文章中的可以说是一摸一样了！

CMplot(df,plot.type = "q",threshold = 0.05)

 

如果直接默认画图，可以直接出各种图：

CMplot(df1)

SNP密度图

 

环形曼哈顿图

曼哈顿图做出来了还没有结束，还要接着做Locus zoom，这是很多文章中常用的，Locus zoom类似于将曼哈顿染色体片段放大。

Locus zoom用在线工具，网址：http://locuszoom.org/

点击single plot:上传文件，选择放大区域！

选择基因版本，EUR表示欧洲，ASN表示亚洲，AMR表示美洲，AFR表示非洲。

然后点击下面plot data，就可以等出图!

与文章中有出入，但是大概的意思是到位了，方法就是这样，还需要根据自己的分析需求和具体问题去设置参数，得到想要的结果！

至此，NC文章图标的复现也就告一段落了，之后我们会进行转录组的系列，力求从数据分析和可视化两个方面提高和突破。

没有理论的实践是一塌糊涂的，没有展示理论结果的方法也是对数据分析的不尊重。继续努力吧！