TCGA下载RNA-seq数据、合并成表达矩阵

记录一下步骤～

1、先进入GDC官网

GDChttps://portal.gdc.cancer.gov/2、进入官网后是这样的：点击Repository

3、点进去之后是下面的第一张图片这样的。（但得先确定自己的Cart里面是空的，这里我之前添加了542个文件，所以cart那里有个542，所以我需要进行清除）

清除Cart里的文件：点击cart，点进去之后是下面这样的：

 然后点击红色的Remove From Cart，点击ALL Files。

清除完之后返回到Repository页面，也就是下面这样的页面：

4、先点击Cases，选择你需要的一些选项。

以我自己下载TCGA的胃癌举例

Primary Site ：选择你需要下载的癌症，所以这里我就选择了stomach

Program：选择了TCGA

Project：选择了TCGA-STAD

其他的默认了，可以根据你想要的选项进行选择

5、再点击Files

Date category：选择transcriptome profiling

Date Type：选择 Gene Expression Quantification

Experimental Strategy：选择RNA-seq

其他没选了

6、选完之后，点击Add ALL Files to Cart，这样就把我们需要的样本文件都添加到购物车啦。

 

7、点击Cart，进入到如下页面

下载3个文件：Metadata、Download里面的（Manifest和Cart）

 8、下载好之后，把这3个文件放在同一个文件夹里，然后使用两个脚本合并出表达矩阵（行是基因，列是样本）！！！