rosetta_ddg 使用-rosetta 2020版

参考https://www.rosettacommons.org/docs/latest/application_documentation/analysis/ddg-monomer
https://zhuanlan.zhihu.com/p/26071679

参考作者的进行了下操作，有些部分需要修改

先处理PDB

python ~/Downloads/rosetta_src_2020.50.61505_bundle/main/tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py protein.pdb A > cleanpdb.log

protein.pdb为自己的WT蛋白结构文件，A表示只用处理A链，处理好的蛋白结构文件为protein_A.pdb，

能量最小化

~/Downloads/rosetta_src_2020.50.61505_bundle/main/source/bin/minimize_with_cst.mpi.linuxgccrelease -in:file:s protein_A.pdb  -in:file:fullatom -ignore_unrecognized_res -fa_max_dis 9.0 -database ~/Downloads/rosetta_src_2020.50.61505_bundle/main/database/ -ddg::harmonic_ca_tether 0.5 -ddg::constraint_weight 1.0 -ddg::out_pdb_prefix min_cst_0.5 -ddg::sc_min_only false > mincst.log

获得距离限制文件

./convert_to_cst_file.sh mincst.log > input.cst

这里会出现input.cst文档为空的情况，是因为rosetta中的convert_to_cst_file.sh文档不太符合自己的，因此需要修改convert_to_cst_file.sh 文档，该文档目的就是提取mincst.log 匹配的字符重定向生产input.cst

这里为修改后converst_to_cst_file.sh的文档
cat mincst.log | grep ‘^apps.public.ddg.minimize_with_cst: (0) c-alpha’ | awk ‘{print "AtomPair CA “$8” CA “$10” HARMONIC “$12” "$15}’ > input.cst

首先就是匹配到apps.public.ddg.minimize_with_cst: (0) c-alpha字符，然后提取字符的第8、10、12、15列，重定向到位置限制input.cst文档中。

编写突变文件flags，这里一定要与已重新编号的pdb 文件相符,比如这里我需要突变两个点，分别为N13P/V193F，那么6d3u.mutfile 文件内容如下：
total 2
1
N 13 P
1
V 193 F

执行ddg_monomer程序

~/Downloads/rosetta_src_2020.50.61505_bundle/main/source/bin/ddg_monomer.mpi.linuxgccrelease -in:file:s min_cst_0.5.protein_A_0001.pdb @flags

这里flags 文件编写参考了rosetta tests 文件
-ddg:weight_file standard_plus_score12
-ddg::iterations 50
-ddg:dump_pdbs true
-ddg::mut_file ./6d3u.mutfile
-database /home/tust/Downloads/rosetta_src_2020.50.61505_bundle/main/database
-ignore_unrecognized_res
-ddg:local_opt_only true
-ddg:min_cst true
-ddg:suppress_checkpointing true
-in:file:fullatom
-ddg:mean false
-ddg:min true
-ddg:sc_min_only false
-ddg:ramp_repulsive true
-unmute core.optimization.LineMinimizer
-constraints:cst_file ./input.cst
-ddg:output_silent true
-ddg:opt_radius 12.0
-score:fa_max_dis 9.0

-in:file:s 为能量最小化后的文件
第一个打分文件使用了standard_plus_score12 ，所以在本目录下有该文档，文献中也有使用soft_rep_design
flags要修改的参数为mut_file文件，也就是编写的需要突变文件。