gis影像格式img转为ecw_医学影像图片格式

（1）Analyze格式：Analyze格式储存的每组数据组包含2个文件，一个为数据文件，其扩展名为.img，包含二进制的图像资料；另外一个为头文件，扩展名为.hdr，包含图像的元数据。

（2）NIFTI格式：标准NIFTI图像的扩展名是.nii，也包含了头文件及图像资料。由于NIFTI格式和Analyze格式的关系，因此NIFTI格式也可使用独立的图像文件（.img）和头文件（.hdr）。

在fMRI的早期，Analyze格式最常用的格式，但现在逐渐被NIFTI格式所取代。Analyze格式主要不足就是头文件不能真正反映元数据。单独的.nii格式文件的优势就是可以使用标准的压缩软件（如gzip）进行压缩，而且一些分析软件包（比如FSL）可以直接读取和写入压缩的.nii文件（扩展名为.nii.gz）。

# 处理nii类型图片
from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D
from nibabel import nifti1
import nibabel as nib
from matplotlib import pylab as plt
import numpy as np
import matplotlib

# matplotlib.use('TkAgg')

# 文件名，nii或nii.gz
example_filename = './AD/AD_001/AD_001.nii'
img = nib.load(example_filename)

# 打印文件信息
print(img)
print(img.dataobj.shape)


width, height, queue, d = img.dataobj.shape

# 显示3D图像
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()

# 计算看需要多少个位置来放切片图
x = int((queue/10) ** 0.5) + 1
num = 1

# 按照10的步长，切片，显示2D图像
for i in range(0, width, 10):
    img_arr = img.dataobj[:, i, :]
    img_arr = np.squeeze(img_arr)
    plt.subplot(z, z, num)
    plt.imshow(img_arr, cmap='gray')
    num += 1

plt.show()

nii图像为三维图像，进行切片后分别表示矢量面，冠状面，轴状面

如何读取NIFTI格式图像（.nii文件）_The Thinker-CSDN博客_nii文件​blog.csdn.net

NII文件可以直接用软件打开，也可以利用代码进行解析

ITK-SNAP 软件的下载地址为：下载地址

分别显示了

轴的图像，不仅可以展示医学图像本身，还可以展示对应的分割结果，可以将分割的nii拖入，并选择以分割的形式载入。

DICOM格式图像查看方式使用软件MicroDicom

软件的下载地址：下载地址

DICOM 即医学数字成像和通信，是医学图像和相关信息的国际标准（ISO 12052）。它定义了质量能满足临床需要的可用于数据交换的医学图像格式，可用于处理、存储、打印和传输医学影像信息。

Pydicom是一个处理DICOM文件的纯Python软件包。它可以通过非常容易的“Pythonic”的方式来提取和修改DICOM数据，修改后的数据还会借此生成新的DICOM文件。

作为一个纯Python包，Pydicom可以在Python解释器下任何平台运行，除了必须预先安装Numpy模块外，几乎无需其它任何配置要求。其局限性之一是无法处理压缩像素图像（如JPEG），其次是无法处理分帧动画图像（如造影电影）

Python 处理医学影像学中的DICOM​blog.csdn.net

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功能性磁共振（fMRI）和结构性磁共振（sMRI）的区别

两者为现在MRI的两个分类，都是基于核磁共振技术产生的成像技术。核磁共振技术本身是基于物理研究所发现的技术，原子核在磁场作用下按照一定的序列排列。很明显我们的人体内充斥着各种原子。根据不同的需求，科学家利用核磁共振检测了不同的原子达到了不同的目的。

sMRI：顾名思义，是为了产生某一组织结构的一项成像技术。科学家利用了氢原子，因为人体任何组织里都有水分子（不用氧原子后面说），自然用氢原子来定位比较准确干扰少。如下图，科学家可以利用MRI探究腹腔内情况。

fMRI：究针对某个脑活动（脑功能定位）激发某个脑区活动进行研究。这一项大幅提升MRI技术的创始人是日本科学家小川诚二，他突破性使用血氧浓度相依对比（Blood oxygen-level dependent, BOLD）。简单而言就是，在某个脑区剧烈活动时候必然消耗更多的能量，自然就要消耗更多氧气（相对应的，PET技术针对能量代谢的成像技术，不过需要服用同位素药物），所以说通过检测血氧对比程度可以发现脑区活动情况。如下图，科学家可以通过BOLD探究脑部活动区别。

总的来说sMRI是看器官结构有没有什么变化（增长，萎缩，变形等）。而fMRI是看脑功能情况，比如视觉活跃时哪个脑区处于活跃状态，又或者单手运动时哪个脑区信号升高等。

功能性磁共振成像（fMRI）和结构性磁共振成像（sMRI）有什么区别？--知乎_小红花yu-CSDN博客

MRI影像检查有一个突出特点，就是有着多种多样的成像序列。这些成像序列能够产生各具特点的MRI图像，不仅能够反映人体解剖形态，而且能够反映人体血流和细胞代谢等生理功能信息。

面对多样化的MRI影像，医生往往需要借助专业化的软件来阅读和理解影像。这里的专业化软件，既包括MRI设备自带的后处理工作站，也包括目前医院普遍配备的PACS系统，另外还包括来自于第三方独立厂商的影像后处理软件等。与成像序列的多样性相对应，MRI影像软件也包含和提供了丰富的显示、测量和分析处理功能，来辅助医生阅片，提高诊断效率和准确率。

MRI扫描方式可以简单的划分为常规扫描和功能扫描两大类。常规扫描主要反映解剖形态；功能扫描则以不同方式反映人体新陈代谢、血液流动等功能信息。常规扫描包括T1加权、T2加权成像，血管造影成像，以及动态增强成像等。功能成像包括了弥散加权成像（DWI），灌注加权成像（PWI），磁共振波普成像（MRS）和血氧饱和水平依赖成像（BOLD）等。

T1加权（T1 Weighted）和T2加权（T2 Weighted）是最常用，也是最基础的常规扫描。几乎所有的临床MRI检查都会包含T1加权和T2加权扫描。这里的“加权”，就是突出的意思。

如下图所示，T1加权突出显示解剖结构，T2加权则能够突出显示病灶

左：T1加权图像 右：T2加权图像

MRI影像学习笔记（一）_医影杂记-CSDN博客​blog.csdn.net